Spectral probabilities and generating functions of tandem mass spectra: a strike against decoy databases.
Spectral probabilities and generating functions of tandem mass spectra: a strike against decoy databases.
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DOI：
10.1021/pr8001244
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发表时间：
2008-08
影响因子：
4.4
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim, Sangtae;Gupta, Nitin;Pevzner, Pavel A.
计算蛋白质组学中的一个关键问题是区分正确和错误的肽鉴定。我们认为，评估肽鉴定的错误率并不像计算生成函数的组合。我们表明，生成函数及其衍生物（光谱能量和光谱概率）代表串联质谱的新特征，类似于Δ分数，显着提高肽鉴定。此外，光谱概率提供了一个严格的解决方案，计算统计显着性的光谱鉴定的问题。光谱能量/概率方法改进了现有MS/MS搜索工具的灵敏度-特异性权衡，解决了质谱分析中众所周知的“一击奇迹”难题，并且通常消除了对诱饵数据库搜索的需要。因此，我们认为，生成函数的方法有可能增加在MS/MS搜索的肽鉴定的数量。
A key problem in computational proteomics is distinguishing between correct and false peptide identifications. We argue that evaluating the error rates of peptide identifications is not unlike computing generating functions in combinatorics. We show that the generating functions and their derivatives (spectral energy and spectral probability) represent new features of tandem mass spectra that, similarly to Δ-scores, significantly improve peptide identifications. Furthermore, the spectral probability provides a rigorous solution to the problem of computing statistical significance of spectral identifications. The spectral energy/probability approach improves the sensitivity-specificity trade-off of existing MS/MS search tools, addresses the notoriously difficult problem of “one-hit-wonders” in mass spectrometry, and often eliminates the need for decoy database searches. We therefore argue that the generating function approach has the potential to increase the number of peptide identifications in MS/MS searches.
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