MACSE v2: Toolkit for the Alignment of Coding Sequences Accounting for Frameshifts and Stop Codons.
MACSE v2: Toolkit for the Alignment of Coding Sequences Accounting for Frameshifts and Stop Codons.
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DOI：
10.1093/molbev/msy159
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发表时间：
2018-10-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Delsuc F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ranwez V;Douzery EJP;Cambon C;Chantret N;Delsuc F
多序列比对是许多进化分析的先决条件。编码序列的多重比对（MACCE）是一种多重序列比对程序，其明确地解释了蛋白质编码核苷酸序列的潜在密码子结构。其独特的特性允许建立可靠的密码子比对，即使在移码的存在。这有助于下游分析，例如基于非同义与同义置换的比率的选择压力估计。在这里，我们提出了MACSE v2，一个主要的更新与初始算法的改进版本，丰富了一个完整的工具包来处理蛋白质编码序列的多重比对。图形界面现在提供了对不同子程序的用户友好访问。
Multiple sequence alignment is a prerequisite for many evolutionary analyses. Multiple Alignment of Coding Sequences (MACSE) is a multiple sequence alignment program that explicitly accounts for the underlying codon structure of protein-coding nucleotide sequences. Its unique characteristic allows building reliable codon alignments even in the presence of frameshifts. This facilitates downstream analyses such as selection pressure estimation based on the ratio of nonsynonymous to synonymous substitutions. Here, we present MACSE v2, a major update with an improved version of the initial algorithm enriched with a complete toolkit to handle multiple alignments of protein-coding sequences. A graphical interface now provides user-friendly access to the different subprograms.
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DOI：
10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x
发表时间：
2007-05-01
期刊：
Molecular ecology notes
影响因子：
--
作者：
Ratnasingham S;Hebert PD
通讯作者：
Hebert PD
影响因子：
9.8
作者：
Machida RJ;Leray M;Ho SL;Knowlton N
通讯作者：
Knowlton N
影响因子：
3.4
作者：
Delsuc F;Gasse B;Sire JY
通讯作者：
Sire JY
影响因子：
2.8
作者：
Leray M;Yang JY;Meyer CP;Mills SC;Agudelo N;Ranwez V;Boehm JT;Machida RJ
通讯作者：
Machida RJ
影响因子：
3.7
作者：
Ranwez V;Harispe S;Delsuc F;Douzery EJ
通讯作者：
Douzery EJ