MACSE: Multiple Alignment of Coding SEquences accounting for frameshifts and stop codons.
MACSE: Multiple Alignment of Coding SEquences accounting for frameshifts and stop codons.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0022594
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Douzery EJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ranwez V;Harispe S;Delsuc F;Douzery EJ
到目前为止，比对含有开放阅读框的核苷酸序列的最有效的解决方案是使用间接程序，该程序在报告密码子水平上的推断缺口位置之前比对氨基酸翻译。这种方法有两个重要的缺陷。首先，任何过早的终止密码子都会阻碍这种策略的使用。其次，每个序列从头到尾都用相同的阅读框翻译，因此单个额外核苷酸的存在导致异常翻译和比对。我们提出了一种算法，具有相同的空间和时间复杂度的经典Needleman-Wunsch算法，同时容纳测序错误和其他生物偏差的编码框架。由此产生的成对编码序列比对方法被扩展为在称为MACCE（编码序列的多重比对，考虑移码和终止密码子）的程序中实现的多重序列比对（MSA）算法。MACSE是第一个自动化的解决方案，用于比对包含非功能序列（假基因）的蛋白质编码基因数据集，而不会破坏潜在的密码子结构。它还被证明在检测公共数据库序列中未记录的移码和将下一代测序读段/重叠群与参考编码序列进行比对中是有用的。MACCE是作为一个开源的java文件可执行文件分发的，可以免费获得源代码，并可以通过Web界面使用：http://mbb.univ-montp2.fr/macse。
Until now the most efficient solution to align nucleotide sequences containing open reading frames was to use indirect procedures that align amino acid translation before reporting the inferred gap positions at the codon level. There are two important pitfalls with this approach. Firstly, any premature stop codon impedes using such a strategy. Secondly, each sequence is translated with the same reading frame from beginning to end, so that the presence of a single additional nucleotide leads to both aberrant translation and alignment. We present an algorithm that has the same space and time complexity as the classical Needleman-Wunsch algorithm while accommodating sequencing errors and other biological deviations from the coding frame. The resulting pairwise coding sequence alignment method was extended to a multiple sequence alignment (MSA) algorithm implemented in a program called MACSE (Multiple Alignment of Coding SEquences accounting for frameshifts and stop codons). MACSE is the first automatic solution to align protein-coding gene datasets containing non-functional sequences (pseudogenes) without disrupting the underlying codon structure. It has also proved useful in detecting undocumented frameshifts in public database sequences and in aligning next-generation sequencing reads/contigs against a reference coding sequence. MACSE is distributed as an open-source java file executable with freely available source code and can be used via a web interface at: http://mbb.univ-montp2.fr/macse.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
14.9
作者：
Abascal F;Zardoya R;Telford MJ
通讯作者：
Telford MJ
影响因子：
12.3
作者：
Kircher M;Stenzel U;Kelso J
通讯作者：
Kelso J
影响因子：
2
作者：
ALTSCHUL, SF
通讯作者：
ALTSCHUL, SF
影响因子：
2
作者：
HEIN, J
通讯作者：
HEIN, J