Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2.
Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2164-15-642
复制
发表时间：
2014-08-03
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Demir E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Babur Ö;Dogrusoz U;Çakır M;Aksoy BA;Schultz N;Sander C;Demir E
详细途径信息的动态视觉探索可以帮助研究人员消化和解释复杂的机制和基因组数据集。ChiBE是一个免费的开源软件工具，用于可视化、查询和分析BioPAX格式的人类生物途径。最近发布的版本2可以在Pathway Commons数据库中的大型集成蜂窝网络以及本地BioPAX模型中搜索邻域、分子之间的路径和分子的共同调节因子/靶标。生成的网络可以使用图形丰富的、以过程为中心的表示法自动布局以实现可视化。来自癌症基因组学门户网站的分析数据和来自基因表达Omnibus的表达数据可以覆盖在这些网络上。ChiBE的新功能围绕基因组学导向的工作流程组织，为基因组学研究人员提供独特的综合途径分析解决方案。该软件可在http://code.google.com/p/chibe免费获得。
Dynamic visual exploration of detailed pathway information can help researchers digest and interpret complex mechanisms and genomic datasets. ChiBE is a free, open-source software tool for visualizing, querying, and analyzing human biological pathways in BioPAX format. The recently released version 2 can search for neighborhoods, paths between molecules, and common regulators/targets of molecules, on large integrated cellular networks in the Pathway Commons database as well as in local BioPAX models. Resulting networks can be automatically laid out for visualization using a graphically rich, process-centric notation. Profiling data from the cBioPortal for Cancer Genomics and expression data from the Gene Expression Omnibus can be overlaid on these networks. ChiBE’s new capabilities are organized around a genomics-oriented workflow and offer a unique comprehensive pathway analysis solution for genomics researchers. The software is freely available at http://code.google.com/p/chibe.
登录
查看更多内容
影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
Dogrusoz, Ugur;Cetintas, Ahmet;Babur, Ozgun
通讯作者：
Babur, Ozgun
影响因子：
14.9
作者：
Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Evangelista C;Kim IF;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Holko M;Ayanbule O;Yefanov A;Soboleva A
通讯作者：
Soboleva A
影响因子：
64.8
作者：
Berger, Michael F.;Lawrence, Michael S.;Demichelis, Francesca;Drier, Yotam;Cibulskis, Kristian;Sivachenko, Andrey Y.;Sboner, Andrea;Esgueva, Raquel;Pflueger, Dorothee;Sougnez, Carrie;Onofrio, Robert;Carter, Scott L.;Park, Kyung;Habegger, Lukas;Ambrogio, Lauren;Fennell, Timothy;Parkin, Melissa;Saksena, Gordon;Voet, Douglas;Ramos, Alex H.;Pugh, Trevor J.;Wilkinson, Jane;Fisher, Sheila;Winckler, Wendy;Mahan, Scott;Ardlie, Kristin;Baldwin, Jennifer;Simons, Jonathan W.;Kitabayashi, Naoki;MacDonald, Theresa Y.;Kantoff, Philip W.;Chin, Lynda;Gabriel, Stacey B.;Gerstein, Mark B.;Golub, Todd R.;Meyerson, Matthew;Tewari, Ashutosh;Lander, Eric S.;Getz, Gad;Rubin, Mark A.;Garraway, Levi A.
通讯作者：
Garraway, Levi A.