Complete genome for Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 8 reference strain 405: comparative analysis with draft genomes for different laboratory stock cultures indicates little genetic variation.
Complete genome for Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 8 reference strain 405: comparative analysis with draft genomes for different laboratory stock cultures indicates little genetic variation.
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DOI：
10.1099/mgen.0.000687
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发表时间：
2021-11
影响因子：
3.9
通讯作者：
On Behalf Of The BRaDP T Consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bossé JT;Li Y;Cohen LM;Stegger M;Angen Ø;Lacouture S;Gottschalk M;Lei L;Koene M;Kuhnert P;Bandara AB;Inzana TJ;Holden MTG;Harris D;Oshota O;Maskell DJ;Tucker AW;Wren BW;Rycroft AN;Langford PR;On Behalf Of The BRaDP T Consortium
我们在此报告了广泛研究的胸膜肺炎放线菌血清型8参考菌株405的全基因组序列，该菌株使用Pacific Biosciences (PacBio) RS II平台生成。此外，我们比较了该菌株在不同国家持有的6个种群（包括用于生成PacBio序列的同一原始种群）的Illumina测序产生的草图序列，发现遗传变异很小，仅鉴定出3个snp，均在degS基因内。然而，通过Illumina测序检测到的两个小质粒pARD3079和p405tetH的序列在参考菌株的PacBio序列中未被鉴定出来。
We report here the complete genome sequence of the widely studied Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 8 reference strain 405, generated using the Pacific Biosciences (PacBio) RS II platform. Furthermore, we compared draft sequences generated by Illumina sequencing of six stocks of this strain, including the same original stock used to generate the PacBio sequence, held in different countries and found little genetic variation, with only three SNPs identified, all within the degS gene. However, sequences of two small plasmids, pARD3079 and p405tetH, detected by Illumina sequencing of the draft genomes were not identified in the PacBio sequence of the reference strain.
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通讯作者：
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