An antibiotic-binding motif of an RNA fragment derived from the A-site-related region of Escherichia coli 16S rRNA.
An antibiotic-binding motif of an RNA fragment derived from the A-site-related region of Escherichia coli 16S rRNA.
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来自大肠杆菌 16S rRNA A 位点相关区域的 RNA 片段的抗生素结合基序。
作者：
H. Miyaguchi;H. Narita;K. Sakamoto;S. Yokoyama
来源于大肠杆菌16 S rRNA的解码区的小RNA可以结合作用于小核糖体亚基的氨基糖苷类抗生素（新霉素和巴龙霉素）[Purohit，P.和Stern，S.等（1994）Nature，370，659-662]。在本研究中，从该解码区RNA中去除P-位点亚结构域，构建27聚体RNA（命名为ASR-27），其包括16 S rRNA的A-位点相关区域（位置1402-1412和1488-1497）。用硫酸二甲酯作为化学探针的足迹实验表明，ASR-27 RNA可以以与解码区RNA相同的方式与新霉素家族相互作用。ASR-27 RNA的诱变分析显示，ASR-27的巴龙霉素结合涉及C1407. G1494和C1409-G1491碱基对，以及包含A1408和位于两个C.G碱基对之间的位置1492-1493处的核苷酸的内环。此外，还涉及位置1495处的G或U以及位置1405和1496之间的碱基配对。这些结构特征是在病毒RNA元件中发现的，即人类免疫缺陷病毒1型的Rev结合位点，这可能解释了为什么新霉素可以与这种病毒RNA结合。
A small RNA derived from the decoding region of Escherichia coli 16S rRNA can bind to antibiotics of aminoglycosides (neomycin and paromomycin) that act on the small ribosomal subunit [Purohit,P. and Stern,S. (1994) Nature, 370, 659-662]. In the present study, the P-site subdomain was removed from this decoding region RNA to construct a 27mer RNA (designated as ASR-27), which includes the A-site-related region (positions 1402-1412 and 1488-1497) of 16S rRNA. Footprint experiments with dimethyl sulfate as a chemical probe indicated that the ASR-27 RNA can interact with the neomycin family in the same manner as the decoding region RNA. A mutagenesis analysis of the ASR-27 RNA revealed that paromomycin binding of ASR-27 involves the C1407.G1494 and C1409-G1491 base pairs, and the internal loop comprising A1408 and the nucleotides in positions 1492-1493, located between the two C.G base pairs. In addition, a G or U in position 1495, and base pairing between positions 1405 and 1496 are also involved. These structural features were found in a viral RNA element, the Rev-binding site of human immunodeficiency virus type-1, which may explain why neomycin can bind to this viral RNA.
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通讯作者：
U. Ahsen;H. Noller
嗜热四膜虫 17S 核糖体 RNA 基因的核苷酸序列以及导致对抗生素巴龙霉素和潮霉素耐药的点突变的鉴定。
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发表时间：
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期刊：
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通讯作者：
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大肠杆菌 16S rRNA 解码位点内的突变：生长速度受损、致死率和基因内抑制。
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