Optimized protocol for in vivo affinity purification proteomics and biochemistry using C. elegans.
Optimized protocol for in vivo affinity purification proteomics and biochemistry using C. elegans.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2023.102262
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发表时间：
2023-06-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Grill, Brock
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Desbois, Muriel;Pak, Joseph S.;Opperman, Karla J.;Giles, Andrew C.;Grill, Brock
我们提出了一个优化的协议，在体内亲和纯化蛋白质组学和生物化学使用的模式生物秀丽隐杆线虫。我们描述了目标标记，大规模的文化，亲和纯化，使用低温研磨，质谱和候选结合蛋白的验证步骤。我们的方法已被证明是成功的识别蛋白质-蛋白质相互作用和信号网络与验证的功能相关性。我们的协议也适用于在体内的蛋白质-蛋白质相互作用的生化评价。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参见Crawley等人，Giles等人，和Desbois et al.秀丽隐杆线虫中的亲和纯化蛋白质组学鉴定体内蛋白质相互作用秀丽隐杆线虫提供大规模液体培养和多功能遗传工具包协议促进体内生物化学以测试蛋白质-蛋白质相互作用出版商说明：进行任何实验协议都需要遵守当地机构的实验室安全和道德准则。我们提出了一个优化的协议，在体内亲和纯化蛋白质组学和生物化学使用的模式生物秀丽隐杆线虫。我们描述了目标标记，大规模的文化，亲和纯化，使用低温研磨，质谱，和候选结合蛋白的验证步骤。我们的方法已被证明是成功的识别蛋白质-蛋白质相互作用和信号网络与验证的功能相关性。我们的协议也适用于在体内的蛋白质-蛋白质相互作用的生化评价。
We present an optimized protocol for in vivo affinity purification proteomics and biochemistry using the model organism C. elegans. We describe steps for target tagging, large-scale culture, affinity purification using a cryomill, mass spectrometry and validation of candidate binding proteins. Our approach has proven successful for identifying protein-protein interactions and signaling networks with verified functional relevance. Our protocol is also suitable for biochemical evaluation of protein-protein interactions in vivo. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Crawley et al., Giles et al., and Desbois et al. Affinity purification proteomics in C. elegans identifies protein interactions in vivo C. elegans offers large-scale liquid cultures and versatile genetic toolkit Protocol facilitates in vivo biochemistry to test protein-protein interactions Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. We present an optimized protocol for in vivo affinity purification proteomics and biochemistry using the model organism C. elegans. We describe steps for target tagging, large-scale culture, affinity purification using a cryomill, mass spectrometry, and validation of candidate binding proteins. Our approach has proven successful for identifying protein-protein interactions and signaling networks with verified functional relevance. Our protocol is also suitable for biochemical evaluation of protein-protein interactions in vivo.
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