Easy-Prime: a machine learning-based prime editor design tool.
Easy-Prime: a machine learning-based prime editor design tool.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02458-0
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发表时间：
2021-08-19
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Cheng Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Chen J;Tsai SQ;Cheng Y
Prime editing是一种革命性的基因组编辑技术，可以对DNA进行广泛的精确编辑。然而，设计高效的主编辑器（PE）仍然具有挑战性。我们开发了Easy-Prime，这是一个基于机器学习的程序，使用多个已发布的数据源进行训练。Easy-Prime捕获已知和新的特征，如RNA折叠结构，并优化特征组合以提高编辑效率。我们为152，351个GWAS变体中的89.5%提供优化的PE设计。Easy-Prime既可以作为命令行工具，也可以作为交互式PE设计服务器，网址是：http://easy-prime.cc/。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-021-02458-0获得。
Prime editing is a revolutionary genome-editing technology that can make a wide range of precise edits in DNA. However, designing highly efficient prime editors (PEs) remains challenging. We develop Easy-Prime, a machine learning–based program trained with multiple published data sources. Easy-Prime captures both known and novel features, such as RNA folding structure, and optimizes feature combinations to improve editing efficiency. We provide optimized PE design for installation of 89.5% of 152,351 GWAS variants. Easy-Prime is available both as a command line tool and an interactive PE design server at: http://easy-prime.cc/. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02458-0.
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影响因子：
14.9
作者：
Buniello, Annalisa;MacArthur, Jacqueline A. L.;Parkinson, Helen
通讯作者：
Parkinson, Helen
影响因子：
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作者：
Komor AC;Kim YB;Packer MS;Zuris JA;Liu DR
通讯作者：
Liu DR
影响因子：
46.9
作者：
Petri K;Zhang W;Ma J;Schmidts A;Lee H;Horng JE;Kim DY;Kurt IC;Clement K;Hsu JY;Pinello L;Maus MV;Joung JK;Yeh JJ
通讯作者：
Yeh JJ
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
64.8
作者：
Anzalone, Andrew V.;Randolph, Peyton B.;Liu, David R.
通讯作者：
Liu, David R.