Second Harmonic Generation Interrogation of the Endonuclease APE1 Binding Interaction with G-Quadruplex DNA.
Second Harmonic Generation Interrogation of the Endonuclease APE1 Binding Interaction with G-Quadruplex DNA.
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DOI：
10.1021/acs.analchem.2c02951
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发表时间：
2022-11-01
影响因子：
7.4
通讯作者：
Conboy, John C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fleming, Aaron M.;Tran, Renee;Omaga, Carla A.;Manage, Shereen A. Howpay;Burrows, Cynthia J.;Conboy, John C.
DNA修复酶无尿嘧啶/无嘧啶内切酶-1 （APE1）与携带碱基位点（AP）的启动子g -四重体（G4）折叠之间的结合相互作用可以作为氧化应激过程中的基因调控开关。先前在溶液中基于荧光的分析表明，APE1与VEGF启动子G4结合，但这种相互作用是否特异性仍然是一个悬而未决的问题。在这项工作中，二次谐波产生（SHG）用于测量非典型dna -蛋白质结合相互作用的无标记分析，具有高灵敏度，以证明相互作用是有序和特异性的。用四氢呋喃类似物模拟APE1与VEGF启动子G4结合的AP位点产生的解离常数为~100 nM，与双链和单链DNA对照研究不同。SHG测量证实APE1以特定的方式结合VEGF G4折叠，解决了关于这种具有基因调控特征的内切酶如何结合G4折叠的剩余问题。这些研究证明了SHG在询问非典型dna -蛋白质相互作用方面的能力，为在未来的生化分析中使用这种分析方法提供了一个基础的例子。
The binding interaction between the DNA repair enzyme apurinic/apyrimidinic endonuclease-1 (APE1) with promoter G-quadruplex (G4) folds bearing an abasic site (AP) can serve as a gene regulatory switch during oxidative stress. Prior fluorescence-based analysis in solution suggested APE1 binds the VEGF promoter G4 but whether this interaction was specific or not remained an open question. Second harmonic generation (SHG) was used in this work to measure the non-canonical DNA-protein binding interaction in a label-free assay with high sensitivity to demonstrate the interaction is ordered and specific. The binding of APE1 to the VEGF promoter G4 with AP sites modeled by a tetrahydrofuran analog produced dissociation constants of ~100 nM that differed from duplex and single-stranded DNA control studies. The SHG measurements confirmed APE1 binds the VEGF G4 folds in a specific manner resolving a remaining question regarding how this endonuclease with gene regulatory features engages G4 folds. The studies demonstrate the power of SHG to interrogate non-canonical DNA-protein interactions providing a foundational example for the use of this analytical method in future biochemical analyses.
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甲基化DNA的锌指读取器。
DOI：
10.3390/molecules23102555
发表时间：
2018-10-07
期刊：
Molecules (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Hudson NO;Buck-Koehntop BA
通讯作者：
Buck-Koehntop BA
影响因子：
3.8
作者：
Burra, Silvia;Marasco, Daniela;Tell, Gianluca
通讯作者：
Tell, Gianluca
影响因子：
15
作者：
Kriech, MA;Conboy, JC
通讯作者：
Conboy, JC
影响因子：
2.9
作者：
Schermerhorn, Kelly M.;Delaney, Sarah
通讯作者：
Delaney, Sarah
DOI：
10.1021/acsbiomedchemau.1c00031
发表时间：
2021-12-15
期刊：
ACS bio & med chem Au
影响因子：
--
作者：
Fleming AM;Manage SAH;Burrows CJ
通讯作者：
Burrows CJ