Endogenous short RNAs generated by Dicer 2 and RNA-dependent RNA polymerase 1 regulate mRNAs in the basal fungus Mucor circinelloides.
Endogenous short RNAs generated by Dicer 2 and RNA-dependent RNA polymerase 1 regulate mRNAs in the basal fungus Mucor circinelloides.
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DOI：
10.1093/nar/gkq301
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发表时间：
2010-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dalmay T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nicolas FE;Moxon S;de Haro JP;Calo S;Grigoriev IV;Torres-Martínez S;Moulton V;Ruiz-Vázquez RM;Dalmay T
内源性短RNA （esrna）在真核生物中发挥着多种作用，通常由双链RNA （dsRNA）通过Dicer合成。esRNAs根据生物发生和功能分为不同的类别，但并非所有类别都存在于所有真核生物王国中。与其他真核生物相比，真菌的esRNA记录很少被描述，并且尚不清楚真菌中存在哪些esRNA类别以及它们是否调节蛋白质编码基因的表达。然而，一些dicer突变真菌显示表型改变的证据表明，esRNAs在真菌中起重要作用。在这里，我们发现基础真菌Mucor circinelloides产生新的esRNAs类别，这些esRNAs映射到外显子并调节许多蛋白质编码基因的表达。这些外显子sirna（前sirna）中最大的一类是由RNA依赖的RNA聚合酶1 （RdRP1）和dicer-like 2 （DCL2）产生的，并靶向产生它们的蛋白质编码基因的mrna。我们的研究结果扩大了真核生物中esRNAs的范围，并揭示了esRNAs在真菌中的新作用。
Endogenous short RNAs (esRNAs) play diverse roles in eukaryotes and usually are produced from double-stranded RNA (dsRNA) by Dicer. esRNAs are grouped into different classes based on biogenesis and function but not all classes are present in all three eukaryotic kingdoms. The esRNA register of fungi is poorly described compared to other eukaryotes and it is not clear what esRNA classes are present in this kingdom and whether they regulate the expression of protein coding genes. However, evidence that some dicer mutant fungi display altered phenotypes suggests that esRNAs play an important role in fungi. Here, we show that the basal fungus Mucor circinelloides produces new classes of esRNAs that map to exons and regulate the expression of many protein coding genes. The largest class of these exonic-siRNAs (ex-siRNAs) are generated by RNA-dependent RNA Polymerase 1 (RdRP1) and dicer-like 2 (DCL2) and target the mRNAs of protein coding genes from which they were produced. Our results expand the range of esRNAs in eukaryotes and reveal a new role for esRNAs in fungi.
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