CoMet--a web server for comparative functional profiling of metagenomes.
CoMet--a web server for comparative functional profiling of metagenomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkr388
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Meinicke P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lingner T;Asshauer KP;Schreiber F;Meinicke P
分析新测序的基因组和元基因组的功能潜力已经成为生物医学和生物学研究中的一项常见任务。随着高通量测序技术的出现，比较元基因组学为阐明复杂微生物群落的遗传决定的相似性和差异性开辟了道路。我们开发了网络服务器COMET(http://comet.gobics.de)，)，它提供了一个简单易用的比较元基因组学平台，非常适合分析大量元基因组短读数据。Comet将ORF的发现和随后对Pfam结构域家族的蛋白质序列分配与比较统计分析相结合。除了全面的表格数据文件外，COMET服务器还提供层次聚类和多维比例图方面的可视解释输出，从而允许快速概述一组给定的元基因组样本。
Analyzing the functional potential of newly sequenced genomes and metagenomes has become a common task in biomedical and biological research. With the advent of high-throughput sequencing technologies comparative metagenomics opens the way to elucidate the genetically determined similarities and differences of complex microbial communities. We developed the web server ‘CoMet’ (http://comet.gobics.de), which provides an easy-to-use comparative metagenomics platform that is well-suitable for the analysis of large collections of metagenomic short read data. CoMet combines the ORF finding and subsequent assignment of protein sequences to Pfam domain families with a comparative statistical analysis. Besides comprehensive tabular data files, the CoMet server also provides visually interpretable output in terms of hierarchical clustering and multi-dimensional scaling plots and thus allows a quick overview of a given set of metagenomic samples.
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影响因子：
3
作者：
Rodriguez-Brito B;Rohwer F;Edwards RA
通讯作者：
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作者：
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Yooseph, Shibu
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作者：
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Kunin, Victor;Raes, Jeroen;Harris, J Kirk;Spear, John R;Walker, Jeffrey J;Ivanova, Natalia;von Mering, Christian;Bebout, Brad M;Pace, Norman R;Bork, Peer;Hugenholtz, Philip
通讯作者：
Hugenholtz, Philip