DNA dynamics play a role as a basal transcription factor in the positioning and regulation of gene transcription initiation.
DNA dynamics play a role as a basal transcription factor in the positioning and regulation of gene transcription initiation.
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DOI：
10.1093/nar/gkp1084
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发表时间：
2010-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Usheva A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alexandrov BS;Gelev V;Yoo SW;Alexandrov LB;Fukuyo Y;Bishop AR;Rasmussen KØ;Usheva A
我们评估的作用，DNA呼吸动力学作为一个决定因素的启动子强度和转录起始位点（TSS）的位置。我们比较DNA Langevin动态配置文件的代表性基因启动子，计算与扩展的非线性PBD模型的DNA与实验数据的转录因子结合和转录活性。我们的研究结果表明，在TSS的DNA动态活性可以抑制突变，不影响基础转录因子结合DNA接触。我们利用这种效应来建立转录因子结合和DNA动力学对转录活性的单独贡献。我们的研究结果反对一个纯粹的“转录因子为中心的”转录起始的观点，这表明DNA动力学和转录因子结合是转录起始的必要条件。
We assess the role of DNA breathing dynamics as a determinant of promoter strength and transcription start site (TSS) location. We compare DNA Langevin dynamic profiles of representative gene promoters, calculated with the extended non-linear PBD model of DNA with experimental data on transcription factor binding and transcriptional activity. Our results demonstrate that DNA dynamic activity at the TSS can be suppressed by mutations that do not affect basal transcription factor binding–DNA contacts. We use this effect to establish the separate contributions of transcription factor binding and DNA dynamics to transcriptional activity. Our results argue against a purely ‘transcription factor-centric’ view of transcription initiation, suggesting that both DNA dynamics and transcription factor binding are necessary conditions for transcription initiation.
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影响因子：
3.5
作者：
Fischer, BM;Walther, M;Jepsen, PU
通讯作者：
Jepsen, PU
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Alexandrov BS;Gelev V;Monisova Y;Alexandrov LB;Bishop AR;Rasmussen KØ;Usheva A
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Usheva A
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