Protocol: a simple gel-free method for SNP genotyping using allele-specific primers in rice and other plant species.
Protocol: a simple gel-free method for SNP genotyping using allele-specific primers in rice and other plant species.
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DOI：
10.1186/1746-4811-6-12
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发表时间：
2010-04-21
期刊：
影响因子：
5.1
通讯作者：
Ishimaru K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hirotsu N;Murakami N;Kashiwagi T;Ujiie K;Ishimaru K
利用多个单核苷酸多态性（snp）进行基因型分析在植物研究中是一种有用但劳动密集型或高成本的方法。在这里，我们描述了一种替代的基因分型方法，适用于多样本或多位点SNP基因分型，不需要电泳或专门的设备。我们开发了一种使用等位基因特异性引物（ASP）进行多样本或多位点SNP基因分型的简单方法。更具体地说，我们(1)改进了等位基因特异性引物的设计，(2)建立了一种无需电泳的光学检测PCR产物的方法，(3)标准化了使用各种等位基因特异性引物进行平行基因组分析的PCR条件。作为使用ASP进行多样本SNP基因分型的一个例子，我们绘制了台风（lrt5）抗倒伏基因座。此外，我们成功地利用稻（Oryza sativa）品种‘Koshihikari’和‘Kasalath’基因组中的96个snp进行了多位点ASP-PCR分析，并证明了其对其他不同品种/亚种的适用性，包括野生稻（O. rufipogon）。我们的ASP方法允许在没有电泳、昂贵的探针或专门设备的情况下表征snp基因型，并且由于引物设计的灵活性而具有高度通用性。该方法易于在任何分子生物学实验室建立，适用于各种生物。
Genotype analysis using multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) is a useful but labor-intensive or high-cost procedure in plant research. Here we describe an alternative genotyping method that is suited to multi-sample or multi-locus SNP genotyping and does not require electrophoresis or specialized equipment. We have developed a simple method for multi-sample or multi-locus SNP genotyping using allele-specific primers (ASP). More specifically, we (1) improved the design of allele-specific primers, (2) established a method to detect PCR products optically without electrophoresis, and (3) standardized PCR conditions for parallel genomic assay using various allele-specific primers. As an illustration of multi-sample SNP genotyping using ASP, we mapped the locus for lodging resistance in a typhoon (lrt5). Additionally, we successfully tested multi-locus ASP-PCR analysis using 96 SNPs located throughout the genomes of rice (Oryza sativa) cultivars 'Koshihikari' and 'Kasalath', and demonstrated its applicability to other diverse cultivars/subspecies, including wild rice (O. rufipogon). Our ASP methodology allows characterization of SNPs genotypes without electrophoresis, expensive probes or specialized equipment, and is highly versatile due to the flexibility in the design of primers. The method could be established easily in any molecular biology laboratory, and is applicable to diverse organisms.
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