KnetMiner: a comprehensive approach for supporting evidence-based gene discovery and complex trait analysis across species
KnetMiner: a comprehensive approach for supporting evidence-based gene discovery and complex trait analysis across species
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KnetMiner：支持跨物种基于证据的基因发现和复杂性状分析的综合方法
DOI：
10.1101/2020.04.02.017004
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hassani-Pak K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hassani-Pak K
产生新的想法和科学假设通常是广泛的文献和数据库审查的结果，加上科学家自己的新数据，以及建立以前没有的联系的创造性过程。我们已经开发了一种全面的方法来指导这一具有技术挑战性的数据集成任务，并使植物和作物研究人员更容易进行知识发现和假设生成。KnetMiner可以消化大量的科学文献和生物学研究，以发现和可视化复杂性状和疾病的遗传和生物学特性之间的联系。在这里，我们报告了KnetMiner背后的主要设计原则，并提供了挖掘公共数据集的用例，以确定小麦籽粒颜色和收获前发芽等性状之间的未知联系，以及一种基于证据的方法来确定拟南芥顶径QTL下的候选基因。我们已经为一系列物种开发了KnetMiner知识图和应用程序，包括植物，作物和病原体。KnetMiner是第一个开源基因发现平台，可以利用基因组规模的知识图谱，生成基于证据的生物网络，并部署在任何具有测序基因组的物种上。KnetMiner可在http://knetminer.org上获得。
Generating new ideas and scientific hypotheses is often the result of extensive literature and database reviews, overlaid with scientists’ own novel data and a creative process of making connections that were not made before. We have developed a comprehensive approach to guide this technically challenging data integration task and to make knowledge discovery and hypotheses generation easier for plant and crop researchers. KnetMiner can digest large volumes of scientific literature and biological research to find and visualise links between the genetic and biological properties of complex traits and diseases. Here we report the main design principles behind KnetMiner and provide use cases for mining public datasets to identify unknown links between traits such grain colour and pre-harvest sprouting inTriticum aestivum, as well as, an evidence-based approach to identify candidate genes under anArabidopsis thalianapetal size QTL. We have developed KnetMiner knowledge graphs and applications for a range of species including plants, crops and pathogens. KnetMiner is the first open-source gene discovery platform that can leverage genome-scale knowledge graphs, generate evidence-based biological networks and be deployed for any species with a sequenced genome. KnetMiner is available at http://knetminer.org.
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故事简介
DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
A Schoolmaster's War
影响因子：
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作者：
T. Troxel;G. Davis;S. Gadberry;S. McPeake;W. T. Wallace
通讯作者：
W. T. Wallace
影响因子：
14.9
作者：
Mungall CJ;McMurry JA;Köhler S;Balhoff JP;Borromeo C;Brush M;Carbon S;Conlin T;Dunn N;Engelstad M;Foster E;Gourdine JP;Jacobsen JO;Keith D;Laraway B;Lewis SE;NguyenXuan J;Shefchek K;Vasilevsky N;Yuan Z;Washington N;Hochheiser H;Groza T;Smedley D;Robinson PN;Haendel MA
通讯作者：
Haendel MA
网络主题是语义区分的强大工具
DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
作者：
Chris Biemann;Lachezar Krumov;Stefanie Roos;K. Weihe
通讯作者：
K. Weihe
生物模式：生命科学领域的 schema.org
DOI：
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发表时间：
2017
期刊：
Workshop on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences
影响因子：
--
作者：
L. García;O. Giraldo;A. G. Castro;M. Dumontier;Bioschemas Community
通讯作者：
Bioschemas Community
影响因子：
9.8
作者：
Stephens ZD;Lee SY;Faghri F;Campbell RH;Zhai C;Efron MJ;Iyer R;Schatz MC;Sinha S;Robinson GE
通讯作者：
Robinson GE