High-throughput and site-specific identification of 2'-O-methylation sites using ribose oxidation sequencing (RibOxi-seq).
High-throughput and site-specific identification of 2'-O-methylation sites using ribose oxidation sequencing (RibOxi-seq).
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DOI：
10.1261/rna.061549.117
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发表时间：
2017-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Carmichael GG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu Y;Pirnie SP;Carmichael GG
核糖甲基化（2′-O-甲基化，2′-OMe）在rRNA和其他小RNA中以高频率发生，并且在真核生物和古细菌中使用共享的机制进行。由于RNA修饰对核糖体成熟很重要，并且这些修饰的改变与细胞缺陷和疾病有关，因此表征2′-O-甲基化的景观很重要。在这里，我们报告了一个高度敏感和准确的方法，核糖甲基化检测使用下一代测序的发展。该方法的一个关键特征是生成具有随机3′-末端的RNA片段，然后对所有终止于2′，3 ′-OH基团的分子进行高碘酸盐氧化。这允许仅在其3′-末端具有2′-OMe基团的RNA被测序。尽管目前需要微克量的起始材料，但即使在低测序深度下，该方法对于rRNA的分析也是稳健的。
Ribose methylation (2′-O-methylation, 2′-OMe) occurs at high frequencies in rRNAs and other small RNAs and is carried out using a shared mechanism across eukaryotes and archaea. As RNA modifications are important for ribosome maturation, and alterations in these modifications are associated with cellular defects and diseases, it is important to characterize the landscape of 2′-O-methylation. Here we report the development of a highly sensitive and accurate method for ribose methylation detection using next-generation sequencing. A key feature of this method is the generation of RNA fragments with random 3′-ends, followed by periodate oxidation of all molecules terminating in 2′,3′-OH groups. This allows only RNAs harboring 2′-OMe groups at their 3′-ends to be sequenced. Although currently requiring microgram amounts of starting material, this method is robust for the analysis of rRNAs even at low sequencing depth.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
在人rRNA中2'-O-ME的分析揭示了一部分部分修饰的位置，并提供了核糖体异质性的证据。
影响因子：
14.9
作者：
Krogh N;Jansson MD;Häfner SJ;Tehler D;Birkedal U;Christensen-Dalsgaard M;Lund AH;Nielsen H
通讯作者：
Nielsen H
影响因子：
5.5
作者：
Marchand V;Pichot F;Thüring K;Ayadi L;Freund I;Dalpke A;Helm M;Motorin Y
通讯作者：
Motorin Y
影响因子：
3.9
作者：
Guy MP;Shaw M;Weiner CL;Hobson L;Stark Z;Rose K;Kalscheuer VM;Gecz J;Phizicky EM
通讯作者：
Phizicky EM
影响因子：
14.8
作者：
Honda S;Morichika K;Kirino Y
通讯作者：
Kirino Y