Unrecognized sequence homologies may confound genome-wide association studies.
Unrecognized sequence homologies may confound genome-wide association studies.
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DOI：
10.1093/nar/gks169
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发表时间：
2012-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rondeau E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galichon P;Mesnard L;Hertig A;Stengel B;Rondeau E
全基因组关联研究（GWAS）已成为鉴定新的遗传易感位点的首选方法。这项技术旨在了解常见疾病的分子病因，但在许多情况下，它导致了没有明显生物学相关性的位点的鉴定。在此，我们发现先前未被识别的序列同源性导致单核苷酸多态性（SNP）微阵列错误地将表型与给定位点相关联，而实际上该连锁是与另一个遥远的位点相关联。使用男性和女性受试者之间的遗传差异作为模型来研究一个特定基因组区域对整个SNP微阵列的影响，我们提供了强有力的证据，证明使用标准方法进行GWAS可能会产生误导。我们建议在过去和未来GWAS的生物学解释中采用新的系统质量控制步骤。
Genome-wide association studies (GWAS) have become a preferred method to identify new genetic susceptibility loci. This technique aims to understanding the molecular etiology of common diseases, but in many cases, it has led to the identification of loci with no obvious biological relevance. Herein, we show that previously unrecognized sequence homologies have caused single-nucleotide polymorphism (SNP) microarrays to incorrectly associate a phenotype to a given locus when in fact the linkage is to another distant locus. Using genetic differences between male and female subjects as a model to study the effect of one specific genomic region on the whole SNP microarray, we provide strong evidence that the use of standard methods for GWAS can be misleading. We suggest a new systematic quality control step in the biological interpretation of previous and future GWAS.
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DOI：
10.1126/science.1193032
发表时间：
2010-08-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Genovese G;Friedman DJ;Ross MD;Lecordier L;Uzureau P;Freedman BI;Bowden DW;Langefeld CD;Oleksyk TK;Uscinski Knob AL;Bernhardy AJ;Hicks PJ;Nelson GW;Vanhollebeke B;Winkler CA;Kopp JB;Pays E;Pollak MR
通讯作者：
Pollak MR
影响因子：
158.5
作者：
Stanescu, Horia C.;Arcos-Burgos, Mauricio;Kleta, Robert
通讯作者：
Kleta, Robert
影响因子：
14.9
作者：
Eklund AC;Friis P;Wernersson R;Szallasi Z
通讯作者：
Szallasi Z
DOI：
10.1073/pnas.0903103106
发表时间：
2009-06-09
影响因子：
11.1
作者：
Hindorff, Lucia A.;Sethupathy, Praveen;Manolio, Teri A.
通讯作者：
Manolio, Teri A.
影响因子：
7
作者：
Thorisson, GA;Smith, AV;Stein, LD
通讯作者：
Stein, LD