A decade of systems biology.
A decade of systems biology.
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DOI：
10.1146/annurev-cellbio-100109-104122
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发表时间：
2010
影响因子：
11.3
通讯作者：
Ideker T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chuang HY;Hofree M;Ideker T
系统生物学提供了一个从系统测量中组装生物系统模型的框架。自十年前首次引入该领域以来，在全球细胞测量技术以及对这些数据进行计算分析以绘制和模拟细胞功能方面取得了相当大的进展。它还大大扩展到转化科学，酵母中开创的方法现在被应用于阐明人类发育和疾病。在这里，我们回顾了该领域的现状，重点关注系统生物学的四个新兴应用，这些应用在接下来的十年中可能特别重要：（a）基于途径的生物标志物，（B）全球遗传相互作用图谱，（c）识别疾病基因的系统方法，以及（d）干细胞系统生物学。我们还介绍了软件工具的最新进展，这些软件工具允许生物学家探索系统范围的模型并制定新的假设。在这篇评论中所涵盖的应用和方法提供了一套主要的范例有用的细胞和发育生物学家希望应用系统的方法感兴趣的领域。
Systems biology provides a framework for assembling models of biological systems from systematic measurements. Since the field was first introduced a decade ago, considerable progress has been made in technologies for global cell measurement and in computational analyses of these data to map and model cell function. It has also greatly expanded into the translational sciences, with approaches pioneered in yeast now being applied to elucidate human development and disease. Here, we review the state of the field with a focus on four emerging applications of systems biology that are likely to be of particular importance during the decade to follow: (a) pathway-based biomarkers, (b) global genetic interaction maps, (c) systems approaches to identify disease genes, and (d) stem cell systems biology. We also cover recent advances in software tools that allow biologists to explore system-wide models and to formulate new hypotheses. The applications and methods covered in this review provide a set of prime exemplars useful to cell and developmental biologists wishing to apply systems approaches to areas of interest.
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DOI：
10.1126/science.1179050
发表时间：
2009-10-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Amit I;Garber M;Chevrier N;Leite AP;Donner Y;Eisenhaure T;Guttman M;Grenier JK;Li W;Zuk O;Schubert LA;Birditt B;Shay T;Goren A;Zhang X;Smith Z;Deering R;McDonald RC;Cabili M;Bernstein BE;Rinn JL;Meissner A;Root DE;Hacohen N;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
9.8
作者：
Culverhouse, R;Suarez, BK;Reich, T
通讯作者：
Reich, T
影响因子：
4.3
作者：
Bandyopadhyay S;Kelley R;Krogan NJ;Ideker T
通讯作者：
Ideker T
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
12.3
作者：
Collins SR;Schuldiner M;Krogan NJ;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS