The patterns of deleterious mutations during the domestication of soybean.
The patterns of deleterious mutations during the domestication of soybean.
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DOI：
10.1038/s41467-020-20337-3
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发表时间：
2021-01-04
影响因子：
16.6
通讯作者：
Jeong SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim MS;Lozano R;Kim JH;Bae DN;Kim ST;Park JH;Choi MS;Kim J;Ok HC;Park SK;Gore MA;Moon JK;Jeong SC
在全球范围内，大豆是主要的蛋白质和油料作物。提高我们对大豆驯化和改良过程的理解有助于促进基因组学辅助育种的努力。本研究构建了781个大豆个体的全基因组变异图谱，包括1060万个单核苷酸多态性和140万个插入缺失，其中包括418个驯化大豆（Glycine max）、345个野生大豆（Glycine soja）和18个自然杂交大豆（Glycine soja）。最大/G。soja）加入。我们描述了增强检测183驯化选择性扫描和模式的推定有害突变在驯化和改进。这主要是自交物种表明，在驯化大豆相对于野生大豆的总体有害突变减少7.1%，并进一步减少1.4%，从地方品种，以改善加入。检测到的驯化选择性扫描也显示有害等位基因水平降低。重要的是，基因型插补与此资源增加了映射分辨率的全基因组关联研究的种子蛋白质和油性状在大豆多样性面板。自交物种中重组事件的积累可能导致有益突变和有害突变的快速固定。在这里，作者对781份大豆种质进行了重新测序，显示了驯化过程中有害突变的清除，并报告了种子蛋白质和油分性状的全基因组关联。
Globally, soybean is a major protein and oil crop. Enhancing our understanding of the soybean domestication and improvement process helps boost genomics-assisted breeding efforts. Here we present a genome-wide variation map of 10.6 million single-nucleotide polymorphisms and 1.4 million indels for 781 soybean individuals which includes 418 domesticated (Glycine max), 345 wild (Glycine soja), and 18 natural hybrid (G. max/G. soja) accessions. We describe the enhanced detection of 183 domestication-selective sweeps and the patterns of putative deleterious mutations during domestication and improvement. This predominantly selfing species shows 7.1% reduction of overall deleterious mutations in domesticated soybean relative to wild soybean and a further 1.4% reduction from landrace to improved accessions. The detected domestication-selective sweeps also show reduced levels of deleterious alleles. Importantly, genotype imputation with this resource increases the mapping resolution of genome-wide association studies for seed protein and oil traits in a soybean diversity panel. The accumulation of recombination events in selfing species may lead to a rapid fixation of both beneficial and deleterious mutations. Here, the authors resequence 781 soybean accessions, show purging of deleterious mutation during domestication, and report genome-wide associations for seed protein and oil traits.
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影响因子：
14.9
作者：
Grant D;Nelson RT;Cannon SB;Shoemaker RC
通讯作者：
Shoemaker RC
DOI：
10.1016/j.tig.2017.04.002
发表时间：
2017-06
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
Hartfield M;Bataillon T;Glémin S
通讯作者：
Glémin S
影响因子：
7
作者：
Chen, Hua;Patterson, Nick;Reich, David
通讯作者：
Reich, David
影响因子：
4.2
作者：
Bandillo, Nonoy;Jarquin, Diego;Lorenz, Aaron
通讯作者：
Lorenz, Aaron
影响因子：
30.8
作者：
Chia, Jer-Ming;Song, Chi;Ware, Doreen
通讯作者：
Ware, Doreen