Timing the SARS-CoV-2 index case in Hubei province.
Timing the SARS-CoV-2 index case in Hubei province.
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DOI：
10.1126/science.abf8003
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发表时间：
2021-04-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wertheim JO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pekar J;Worobey M;Moshiri N;Scheffler K;Wertheim JO
严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）在一种变体形成足够的感染并形成具有大流行潜力的传播链之前，可能有过人类感染失败的历史。因此，2019年12月下旬发现的武汉聚集性感染可能不是初始事件。Pekar等人利用从COVID-19大流行早期病例收集的基因组数据，结合分子钟推断和流行病学模拟，估计最成功的变异何时在人类中站稳脚跟。这一分析将中国湖北省的人际传播推回到2019年10月中旬至11月中旬，在流行病开始传播之前可能有很短的间隔。《科学》，本期第412页SARS-CoV-2人际传播可能于2019年10月中旬至11月中旬在中国湖北开始。了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2 （SARS-CoV-2）何时出现，对于评估我们目前监测新型人畜共患病原体的方法以及了解COVID-19早期遏制和缓解工作的失败至关重要。我们使用了一个聚结框架，将回顾性分子钟推断与前向流行病学模拟相结合，以确定SARS-CoV-2在所有测序的SARS-CoV-2基因组的最近共同祖先出现之前可能传播了多长时间。我们的研究结果将2019年10月中旬至11月中旬这段时间定义为中国湖北省出现第一例SARS-CoV-2病例的合理间隔。通过描述该病毒在被发现之前的可能动态，我们表明，超过三分之二的类似sars - cov -2的人畜共患事件将是自我限制的，在不引发大流行的情况下消失。我们的研究结果强调了人畜共患病监测方法在检测具有中等死亡率的高传染性病原体方面的缺点。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) may have had a history of abortive human infections before a variant established a productive enough infection to create a transmission chain with pandemic potential. Therefore, the Wuhan cluster of infections identified in late December of 2019 may not have represented the initiating event. Pekar et al. used genome data collected from the early cases of the COVID-19 pandemic combined with molecular clock inference and epidemiological simulation to estimate when the most successful variant gained a foothold in humans. This analysis pushes human-to-human transmission back to mid-October to mid-November of 2019 in Hubei Province, China, with a likely short interval before epidemic transmission was initiated. Science, this issue p. 412 SARS-CoV-2 human-to-human transmission likely initiated in mid-October to mid-November 2019 in Hubei, China. Understanding when severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged is critical to evaluating our current approach to monitoring novel zoonotic pathogens and understanding the failure of early containment and mitigation efforts for COVID-19. We used a coalescent framework to combine retrospective molecular clock inference with forward epidemiological simulations to determine how long SARS-CoV-2 could have circulated before the time of the most recent common ancestor of all sequenced SARS-CoV-2 genomes. Our results define the period between mid-October and mid-November 2019 as the plausible interval when the first case of SARS-CoV-2 emerged in Hubei province, China. By characterizing the likely dynamics of the virus before it was discovered, we show that more than two-thirds of SARS-CoV-2like zoonotic events would be self-limited, dying out without igniting a pandemic. Our findings highlight the shortcomings of zoonosis surveillance approaches for detecting highly contagious pathogens with moderate mortality rates.
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作者：
Li, Qun;Guan, Xuhua;Feng, Zijian
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Feng, Zijian
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通讯作者：
Cowling, Benjamin J.
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作者：
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通讯作者：
Chiu, Charles Y.
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Duchene, Sebastian;Featherstone, Leo;Baele, Guy
通讯作者：
Baele, Guy
DOI：
10.1016/j.scitotenv.2021.146198
发表时间：
2021-07-15
期刊：
The Science of the total environment
影响因子：
--
作者：
Fongaro G;Stoco PH;Souza DSM;Grisard EC;Magri ME;Rogovski P;Schörner MA;Barazzetti FH;Christoff AP;de Oliveira LFV;Bazzo ML;Wagner G;Hernández M;Rodríguez-Lázaro D
通讯作者：
Rodríguez-Lázaro D