Analysis of the binding surfaces of proteins
Analysis of the binding surfaces of proteins
复制标题
蛋白质结合表面分析
DOI：
--
复制
发表时间：
1999
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
C. Mattos
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
D. Ringe;C. Mattos
我们已经开发出一种实验方法来绘制任何快速灵活的晶体大分子的完整结合表面。将目标蛋白质的晶体转移到有机溶剂中，并以高分辨率（约2 μ m）测定晶体结构。溶剂分子与蛋白质结合的位点因此被直接鉴定。不同的溶剂可以作为不同有机官能团的探针;因此，苯是芳香基团喜欢结合的探针，二甲基甲酰胺是肽结合位点的探针，等等。一系列大约六个这样的实验足以明确地定位蛋白质表面上的主要结合区域。然后，这些不同的位点可以用同时与一个以上位点相互作用的“九头蛇头”抑制剂靶向，从而为所需靶点提供特异性。我们用这种方法绘制了弹性蛋白酶的完整结合表面，发现包括活性位点裂缝在内的三个区域通常是“粘性”的，几乎可以与任何官能团相互作用。对弹性蛋白酶和其他蛋白质上的这些结合位点的分析表明，形成结合位点的是两亲性和水可以被置换的容易性。© 1999 John Wiley & Sons，Inc. Med Res Rev，19，No. 4，321-331，1999。
We have developed an experimental approach to map the complete binding surface of any crystalline macromolecule that is fast and flexible. Crystals of the target protein are transferred into organic solvents and the crystal structures are determined at high (about 2Å) resolution. The sites where the solvent molecules bind to the protein are thus identified directly. Different solvents serve as probes for different organic functional groups; thus, benzene is a probe for where aromatic groups like to bind, dimethyl formamide is a probe for peptide binding sites, and so forth. A series of about six such experiments suffices to locate the major binding regions on the protein surface unambiguously. These different sites can then be targeted with “Hydra‐headed” inhibitors that interact simultaneously with more that one site, thereby providing specificity for the desired target. We have used this method to map the complete binding surface of elastase, and find that three regions, including the active site cleft, are generally “sticky” and can make interactions with almost any functional group. Analyses of these binding sites on elastase and other proteins suggests that what makes a binding site is amphipathicity and the ease with which water can be displaced. © 1999 John Wiley & Sons, Inc. Med Res Rev, 19, No. 4, 321–331, 1999.
登录
查看更多内容
交联枯草杆菌嘉士伯在水中与乙腈中的 X 射线晶体结构。
影响因子：
3.1
作者：
Fitzpatrick,PA;Ringe,D;Klibanov,AM
通讯作者：
Klibanov,AM
水-蛋白质相互作用：理论与实验。
DOI：
10.1146/annurev.bb.20.060191.003045
发表时间：
1991
期刊：
Annual review of biophysics and biophysical chemistry
影响因子：
--
作者：
Teeter,MM
通讯作者：
Teeter,MM
基于三氟乙酰基-二肽-苯胺抑制剂复合物的X射线晶体结构对猪胰腺弹性蛋白酶活性位点的结构分析。
影响因子：
2.9
作者：
Mattos,C;Giammona,DA;Petsko,GA;Ringe,D
通讯作者：
Ringe,D
影响因子：
5.6
作者：
W. Royer
通讯作者：
W. Royer
影响因子：
5.6
作者：
S. Roe;M. Teeter
通讯作者：
S. Roe;M. Teeter