Extending Maximal Perfect Haplotype Blocks to the Realm of Pangenomics
Extending Maximal Perfect Haplotype Blocks to the Realm of Pangenomics
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DOI：
10.1007/978-3-030-42266-0_4
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发表时间：
2020-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mumey B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Williams L;Mumey B
最近的工作提供了第一种方法来测量可扩展到大量基因组的群体中基因组变异的相对适应性。计算的一个关键组成部分涉及寻找保守的单倍型块，这可以在线性时间内完成。在这里，我们将保守单倍型块的概念扩展到泛基因组，它可以存储比单个参考基因组更复杂的变异。我们定义了一个最大完美的全基因组单倍型块，并给出了一种基于线性时间、后缀树的方法来从一组全基因组单倍型中查找所有此类块。我们通过将其应用于由酵母菌株构建的全基因组来演示该方法。
Recent work provides the first method to measure the relative fitness of genomic variants within a population that scales to large numbers of genomes. A key component of the computation involves finding conserved haplotype blocks, which can be done in linear time. Here, we extend the notion of conserved haplotype blocks to pangenomes, which can store more complex variation than a single reference genome. We define a maximal perfect pangenome haplotype block and give a linear-time, suffix tree based approach to find all such blocks from a set of pangenome haplotypes. We demonstrate the method by applying it to a pangenome built from yeast strains.
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影响因子：
4.3
作者：
Marçais G;Delcher AL;Phillippy AM;Coston R;Salzberg SL;Zimin A
通讯作者：
Zimin A
DOI：
10.1073/pnas.0506758102
发表时间：
2005-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Tettelin, H;Masignani, V;Fraser, CM
通讯作者：
Fraser, CM
DOI：
10.1186/s13015-016-0083-7
发表时间：
2016
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Beller T;Ohlebusch E
通讯作者：
Ohlebusch E
影响因子：
1.4
作者：
Chen, Hua;Hey, Jody;Slatkin, Montgomery
通讯作者：
Slatkin, Montgomery