Barcoded cDNA library preparation for small RNA profiling by next-generation sequencing.
Barcoded cDNA library preparation for small RNA profiling by next-generation sequencing.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2012.07.030
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发表时间：
2012-10
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Tuschl, Thomas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hafner, Markus;Renwick, Neil;Farazi, Thalia A.;Mihailovic, Aleksandra;Pena, John T. G.;Tuschl, Thomas
近年来，小调控（20-30 nt） rna，特别是mirna和pirna对转录后基因调控的表征已成为研究的主要焦点。表征小rna的先决条件是它们在不同发育阶段、正常和疾病组织以及模型细胞系中的鉴定和定量。在这里，我们提出了一个逐步生成与Illumina HiSeq测序兼容的条形码小RNA cDNA文库的协议，从而促进了大样本集合的miRNA和其他小RNA分析。
The characterization of post-transcriptional gene regulation by small regulatory (20–30 nt) RNAs, particularly miRNAs and piRNAs, has become a major focus of research in recent years. A prerequisite for characterizing small RNAs is their identification and quantification across different developmental stages, and in normal and disease tissues, as well as model cell lines. Here we present a step-by-step protocol for generating barcoded small RNA cDNA libraries compatible with Illumina HiSeq sequencing, thereby facilitating miRNA and other small RNA profiling of large sample collections.
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影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
影响因子：
10.5
作者：
Chen, PY;Manninga, H;Tuschl, T
通讯作者：
Tuschl, T
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Alefelder, S;Patel, BK;Eckstein, F
通讯作者：
Eckstein, F
Mirbase：MicroRNA基因组学的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, Sam;Saini, Harpreet Kaur;van Dongen, Stijn;Enright, Anton J.
通讯作者：
Enright, Anton J.