A picornaviral loop-to-loop replication complex.
A picornaviral loop-to-loop replication complex.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2009.02.010
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发表时间：
2009-06
影响因子：
3
通讯作者：
Pascal SM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Claridge JK;Headey SJ;Chow JY;Schwalbe M;Edwards PJ;Jeffries CM;Venugopal H;Trewhella J;Pascal SM
小核糖核酸病毒通过高度保守的机制复制其RNA基因组，该机制涉及主要病毒蛋白酶（3Cpro）与病毒基因组的5′-UTR区域之间的相互作用。3Cpro催化位点是许多复制抑制剂的靶标。本文描述了小RNA病毒3Cpro与5′-UTR区域茎环D（SLD）之间复合物的第一个结构模型。使用人鼻病毒作为模型系统，我们结合了NMR接触信息，小角X射线散射（SAXS）数据，和以前的诱变结果，以确定的3Cpro和SLD组件的形状，位置和相对取向。结果清楚地确定了1：1的结合化学计量比，每个分子的明显环为相互作用提供了关键的结合决定簇。SLD和3Cpro之间的结合诱导位于相对于RNA/蛋白质界面的蛋白酶的相对侧上的蛋白水解活性位点的结构变化，这表明影响催化活性的细微构象变化通过蛋白质中继。
Picornaviruses replicate their RNA genomes through a highly conserved mechanism that involves an interaction between the principal viral protease (3Cpro) and the 5′-UTR region of the viral genome. The 3Cpro catalytic site is the target of numerous replication inhibitors. This paper describes the first structural model of a complex between a picornaviral 3Cpro and a region of the 5′-UTR, stem-loop D (SLD). Using human rhinovirus as a model system, we have combined NMR contact information, small-angle X-ray scattering (SAXS) data, and previous mutagenesis results to determine the shape, position and relative orientation of the 3Cpro and SLD components. The results clearly identify a 1:1 binding stoichiometry, with pronounced loops from each molecule providing the key binding determinants for the interaction. Binding between SLD and 3Cpro induces structural changes in the proteolytic active site that is positioned on the opposite side of the protease relative to the RNA/protein interface, suggesting that subtle conformational changes affecting catalytic activity are relayed through the protein.
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