Molecular typing of human leukocyte antigen and related polymorphisms following whole genome amplification.
Molecular typing of human leukocyte antigen and related polymorphisms following whole genome amplification.
复制标题
全基因组扩增后人类白细胞抗原的分子分型和相关多态性。
DOI：
10.1111/j.0001-2815.2004.00295.x
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kaslow,RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shao,W;Tang,J;Dorak,MT;Song,W;Lobashevsky,E;Cobbs,CS;Wrensch,MR;Kaslow,RA
人类白细胞抗原（HLA）多态性的可靠、高分辨率基因分型通常会受到质量不佳或数量有限的DNA样本的影响。我们使用Φ29 DNA聚合酶促进的全基因组扩增（WGA）策略测试了HLA和邻近位点的变异的分子分型的可行性。在几乎没有（5-100 ng）不同质量和来源材料的起始基因组DNA的情况下，WGA被认为在来自47个细胞系、100个欧洲裔美国人和22个非洲土著的169个DNA中的167个中成功。 Φ29处理的DNA为基于聚合酶链反应（PCR）的6 p24.3 - 6 p21.3区域的几个HLA（A、B、C、DRB 1和DQB 1）和相关基因座（HFE、云母和10个微卫星）分析提供了足够的模板，PCR扩增子范围为92 - 2200 bp。 当原始和Φ29处理的DNA在PCR中起作用时，5种不同的基因分型技术解析并确认了364种基因型。一般人群遗传分析提供了额外的证据，WGA可能代表了一种可靠和简单的方法，以确保足够的基因组DNA分型HLA，云母，和相关的变种。
Reliable, high‐resolution genotyping of human leukocyte antigen (HLA) polymorphisms is often compromised by DNA samples of suboptimal quality or limited quantity. We tested the feasibility of molecular typing for variants at HLA and neighboring loci using whole genome amplification (WGA) strategy facilitated by the Φ29 DNA polymerase. With little (5–100 ng) starting genomic DNA of varying quality and source materials, WGA was deemed successful in 167 of 169 DNA from 47 cell lines, 100 European Americans, and 22 native Africans. The Φ29‐processed DNA provided adequate templates for polymerase chain reaction (PCR)‐based analyses of several HLA (A, B,C,DRB1, andDQB1) and related loci (HFE,MICA, and 10 microsatellites) in the 6p24.3–6p21.3 region, with PCR amplicons ranging from 92 to 2200 bp. Five different genotyping techniques resolved and confirmed 364 genotypes when both original and Φ29‐processed DNA worked in PCRs. General population genetic analyses provided additional evidence that WGA may represent a reliable and simple approach to securing ample genomic DNA for typing HLA,MICA, and related variants.
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DOI：
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