Identification of new branch points and unconventional introns in Saccharomyces cerevisiae.
Identification of new branch points and unconventional introns in Saccharomyces cerevisiae.
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DOI：
10.1261/rna.057216.116
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发表时间：
2016-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Burge CB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gould GM;Paggi JM;Guo Y;Phizicky DV;Zinshteyn B;Wang ET;Gilbert WV;Gifford DK;Burge CB
剪接信息构成了酿酒酵母中表达的mRNA的四分之一，以及后生动物中的大多数mRNA。剪接需要5′剪接位点（5′SS）、分支点（BP）和3′剪接位点（3′SS）元件，但由于BP鉴定仍然困难，BP在剪接控制中的作用知之甚少。我们开发了一种高通量的方法Branch-seq来定位分离的RNA片段的BP和5′ SS。应用到S在酿酒酵母中，Branch-seq检测到76%的表达的注释的BP，并鉴定了相当数量的新BP。我们进行了RNA-seq以确认相关的3′SS位置，鉴定了大约200个新的剪接点，包括AT-AC内含子。我们发现，几个酵母内含子使用两个甚至三个不同的BP，影响3′SS的选择，蛋白质编码潜力，或RNA的稳定性，并确定新的内含子，其剪接在减数分裂或应激反应中发生变化。总之，这些发现显示了酵母中剪接的意想不到的复杂性。
Spliced messages constitute one-fourth of expressed mRNAs in the yeast Saccharomyces cerevisiae, and most mRNAs in metazoans. Splicing requires 5′ splice site (5′SS), branch point (BP), and 3′ splice site (3′SS) elements, but the role of the BP in splicing control is poorly understood because BP identification remains difficult. We developed a high-throughput method, Branch-seq, to map BPs and 5′SSs of isolated RNA lariats. Applied to S. cerevisiae, Branch-seq detected 76% of expressed, annotated BPs and identified a comparable number of novel BPs. We performed RNA-seq to confirm associated 3′SS locations, identifying some 200 novel splice junctions, including an AT-AC intron. We show that several yeast introns use two or even three different BPs, with effects on 3′SS choice, protein coding potential, or RNA stability, and identify novel introns whose splicing changes during meiosis or in response to stress. Together, these findings show unanticipated complexity of splicing in yeast.
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影响因子：
48
作者：
Katz, Yarden;Wang, Eric T.;Airoldi, Edoardo M.;Burge, Christopher B.
通讯作者：
Burge, Christopher B.
影响因子：
64.5
作者：
AEBI, M;HORNIG, H;WEISSMANN, C
通讯作者：
WEISSMANN, C
影响因子：
4.3
作者：
Guo Y;Mahony S;Gifford DK
通讯作者：
Gifford DK
影响因子：
64.8
作者：
Graveley BR;Brooks AN;Carlson JW;Duff MO;Landolin JM;Yang L;Artieri CG;van Baren MJ;Boley N;Booth BW;Brown JB;Cherbas L;Davis CA;Dobin A;Li R;Lin W;Malone JH;Mattiuzzo NR;Miller D;Sturgill D;Tuch BB;Zaleski C;Zhang D;Blanchette M;Dudoit S;Eads B;Green RE;Hammonds A;Jiang L;Kapranov P;Langton L;Perrimon N;Sandler JE;Wan KH;Willingham A;Zhang Y;Zou Y;Andrews J;Bickel PJ;Brenner SE;Brent MR;Cherbas P;Gingeras TR;Hoskins RA;Kaufman TC;Oliver B;Celniker SE
通讯作者：
Celniker SE
DOI：
10.1073/pnas.0605645103
发表时间：
2006-11-21
影响因子：
11.1
作者：
Miura, Fumihito;Kawaguchi, Noriko;Ito, Takashi
通讯作者：
Ito, Takashi