Distinct properties of cell-type-specific and shared transcription factor binding sites.
Distinct properties of cell-type-specific and shared transcription factor binding sites.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2013.08.037
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发表时间：
2013-10-10
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Myers, Richard M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gertz, Jason;Savic, Daniel;Varley, Katherine E.;Partridge, E. Christopher;Safi, Alexias;Jain, Preti;Cooper, Gregory M.;Reddy, Timothy E.;Crawford, Gregory E.;Myers, Richard M.
大多数人类转录因子结合一小部分潜在的基因组位点，并且通常在不同的细胞类型中使用不同的子集。为了确定控制细胞类型特异性转录因子结合的机制，我们使用综合方法研究雌激素受体α（ER）。我们发现ER表现出两种不同的结合模式。在多种细胞类型中结合的共享位点的特征在于高亲和力雌激素反应元件（ERE）、不可接近的染色质和缺乏DNA甲基化，而细胞特异性位点的特征在于缺乏ERE、与其他转录因子共现以及细胞类型特异性染色质可接近性和DNA甲基化。这些观察使ER结合的准确定量模型成为可能，这表明ER与三分之一的细胞特异性位点相结合。细胞特异性结合的独特性质也观察到与糖皮质激素受体和ER在原代小鼠组织，代表一个优雅的基因组编码方案产生细胞类型特异性基因调控。
Most human transcription factors bind a small subset of potential genomic sites and often use different subsets in different cell types. To identify mechanisms that govern cell type-specific transcription factor binding, we used an integrative approach to study estrogen receptor α (ER). We found that ER exhibits two distinct modes of binding. Shared sites, bound in multiple cell types, are characterized by high affinity estrogen response elements (EREs), inaccessible chromatin and a lack of DNA methylation, while cell-specific sites are characterized by a lack of EREs, co-occurrence with other transcription factors and cell type-specific chromatin accessibility and DNA methylation. These observations enabled accurate quantitative models of ER binding that suggest tethering of ER to one-third of cell-specific sites. The distinct properties of cell-specific binding were also observed with glucocorticoid receptor and for ER in primary mouse tissues, representing an elegant genomic encoding scheme for generating cell type-specific gene regulation.
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作者：
ENCODE Project Consortium
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ENCODE Project Consortium
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Stamatoyannopoulos JA