MetaMHC: a meta approach to predict peptides binding to MHC molecules.
MetaMHC: a meta approach to predict peptides binding to MHC molecules.
复制标题
MetaMHC：预测与 MHC 分子结合的肽的元方法
DOI：
10.1093/nar/gkq407
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu X;Zhou W;Udaka K;Mamitsuka H;Zhu S
由于抗原肽与主要组织相容性复合体（MHC）分子结合是细胞免疫反应的先决条件，因此准确的计算预测器对于生物学家和免疫学家了解免疫识别的潜在机制以及促进表位的过程将大有裨益。绘图和疫苗设计。虽然已经开发了各种计算方法，最近的基准数据集的实验结果表明，改进的预测的发展是必要的，特别是MHC II类肽结合。为了充分利用当前的方法，并实现更高的预测性能，我们开发了一个新的Web服务器，MetaMHC，集成的几个流行的集成策略的领先预测的输出。MetaMHC由两个组件组成：MetaMHCI和MetaMHCII，分别用于MHC I类肽和MHC II类肽结合预测。交叉验证和使用独立数据集的实验结果表明，集成方法优于单个预测器，具有统计显著性。MetaMHC可在http://www.biokdd.fudan.edu.cn/Service/MetaMHC.html上免费获得。
As antigenic peptides binding to major histocompatibility complex (MHC) molecules is the prerequisite of cellular immune responses, an accurate computational predictor will be of great benefit to biologists and immunologists for understanding the underlying mechanism of immune recognition as well as facilitating the process of epitope mapping and vaccine design. Although various computational approaches have been developed, recent experimental results on benchmark data sets show that the development of improved predictors is needed, especially for MHC Class II peptide binding. To make the most of current methods and achieve a higher predictive performance, we developed a new web server, MetaMHC, to integrate the outputs of leading predictors by several popular ensemble strategies. MetaMHC consists of two components: MetaMHCI and MetaMHCII for MHC Class I peptide and MHC Class II peptide binding predictions, respectively. Experimental results by both cross-validation and using an independent data set show that the ensemble approaches outperform individual predictors, being statistically significant. MetaMHC is freely available at http://www.biokdd.fudan.edu.cn/Service/MetaMHC.html.
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