RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection.
RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection.
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DOI：
10.1038/s41592-022-01669-y
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发表时间：
2022-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Preibisch S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bahry E;Breimann L;Zouinkhi M;Epstein L;Kolyvanov K;Mamrak N;King B;Long X;Harrington KIS;Lionnet T;Preibisch S
基于荧光原位杂交（FISH）的方法通过检测显微镜图像中的荧光点从生物样品中提取空间分辨的遗传和表观遗传信息，这通常是一项具有挑战性的任务。我们提出了径向对称FISH（RS-FISH），一个准确，快速，用户友好的软件，在二维和三维图像中的斑点检测。RS-FISH提供交互式参数调整，并通过工作站、集群或云端上的分布式处理，轻松扩展到大型数据集和已清除或扩展样本的图像体积。RS-FISH在广泛的信噪比范围内保持高检测精度和低定位误差，这是单分子FISH、空间转录组学或空间基因组学应用的关键特征。RS-FISH是一个用户友好的软件，用于精确的斑点检测，适用于smFISH实验，空间转录组学和空间基因组学。该方法能够在非常大的体积数据集中进行快速点检测。
Fluorescent in-situ hybridization (FISH)-based methods extract spatially resolved genetic and epigenetic information from biological samples by detecting fluorescent spots in microscopy images, an often challenging task. We present Radial Symmetry-FISH (RS-FISH), an accurate, fast, and user-friendly software for spot detection in two- and three-dimensional images. RS-FISH offers interactive parameter tuning and readily scales to large datasets and image volumes of cleared or expanded samples using distributed processing on workstations, clusters, or the cloud. RS-FISH maintains high detection accuracy and low localization error across a wide range of signal-to-noise ratios, a key feature for single-molecule FISH, spatial transcriptomics, or spatial genomics applications. RS-FISH is a user-friendly software for accurate spot detection that is applicable to smFISH experiments, spatial transcriptomics, and spatial genomics. The approach enables fast spot detection in even very large volumetric datasets.
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