Structural and computational studies of HIV-1 RNA.
Structural and computational studies of HIV-1 RNA.
复制标题
DOI：
10.1080/15476286.2023.2289709
复制
发表时间：
2024-01
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Vashisth, Harish
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Levintov, Lev;Vashisth, Harish
关键词：
病毒仍然是动物、植物和人类的全球威胁。1型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）是逆转录病毒家族的成员，携带RNA基因组，其被逆转录成病毒DNA并进一步整合到宿主细胞DNA中用于病毒复制和增殖。来自HIV-1基因组的RNA结构为了解病毒复制周期的潜在机制提供了有价值的见解。此外，这些结构可作为设计新型治疗方法的模型。在这里，我们回顾了HIV-1基因组RNA的结构数据以及基于这些结构数据的计算研究。该综述是根据结构化RNA元件的类型组织的，其有助于病毒复制周期中的不同步骤。其次是概述了HIV-1反式激活反应元件（TAR）RNA作为模型系统，用于了解病毒RNA系统中的动力学和相互作用。该审查的结论与计算研究的描述，突出生物分子模拟的影响，阐明在HIV-1的复制周期的各个步骤的机制细节。
Viruses remain a global threat to animals, plants, and humans. The type 1 human immunodeficiency virus (HIV-1) is a member of the retrovirus family and carries an RNA genome, which is reverse transcribed into viral DNA and further integrated into the host-cell DNA for viral replication and proliferation. The RNA structures from the HIV-1 genome provide valuable insights into the mechanisms underlying the viral replication cycle. Moreover, these structures serve as models for designing novel therapeutic approaches. Here, we review structural data on RNA from the HIV-1 genome as well as computational studies based on these structural data. The review is organized according to the type of structured RNA element which contributes to different steps in the viral replication cycle. This is followed by an overview of the HIV-1 transactivation response element (TAR) RNA as a model system for understanding dynamics and interactions in the viral RNA systems. The review concludes with a description of computational studies, highlighting the impact of biomolecular simulations in elucidating the mechanistic details of various steps in the HIV-1’s replication cycle.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1099/jgv.0.001712
发表时间：
2021-12
期刊：
The Journal of general virology
影响因子：
--
作者：
Coffin J;Blomberg J;Fan H;Gifford R;Hatziioannou T;Lindemann D;Mayer J;Stoye J;Tristem M;Johnson W;Ictv Report Consortium
通讯作者：
Ictv Report Consortium
影响因子：
16.6
作者：
Schneeberger EM;Halper M;Palasser M;Heel SV;Vušurović J;Plangger R;Juen M;Kreutz C;Breuker K
通讯作者：
Breuker K
DOI：
10.1021/acs.jpcb.6b11041
发表时间：
2017-01-12
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Huang W;Emani PS;Varani G;Drobny GP
通讯作者：
Drobny GP
DOI：
10.3390/v8090256
发表时间：
2016-09-19
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Rye-McCurdy T;Olson ED;Liu S;Binkley C;Reyes JP;Thompson BR;Flanagan JM;Parent LJ;Musier-Forsyth K
通讯作者：
Musier-Forsyth K
影响因子：
64.5
作者：
Kessl, Jacques J.;Kutluay, Sebla B.;Townsend, Dana;Rebensburg, Stephanie;Slaughter, Alison;Larue, Ross C.;Shkriabai, Nikoloz;Bakouche, Nordine;Fuchs, James R.;Bieniasz, Paul D.;Kvaratskhelia, Mamuka
通讯作者：
Kvaratskhelia, Mamuka