DNA studies using atomic force microscopy: capabilities for measurement of short DNA fragments
DNA studies using atomic force microscopy: capabilities for measurement of short DNA fragments
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使用原子力显微镜进行 DNA 研究：测量短 DNA 片段的能力
DOI：
--
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发表时间：
2015
影响因子：
5
通讯作者：
A. Dritschilo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
D. Pang;A. Thierry;A. Dritschilo
由电离辐射引起的 DNA 双链断裂 (DSB) 产生的短 DNA 片段，或由于生理过程而从细胞中释放并在血流中循环的片段，可能在细胞功能中发挥重要作用，并可能在疾病诊断和早期干预中发挥重要作用。 DNA 片段的大小分布有助于了解潜在的生物过程。放射生物学中用于 DNA 片段大小测量的传统技术缺乏量化短 DNA 片段的分辨率。对于无细胞循环 DNA (ccfDNA) 的测量，实时定量聚合酶链反应 (q-PCR) 可以量化 DNA 片段大小、浓度和特定基因突变。作为一种补充方法，使用原子力显微镜 (AFM) 的基于成像的技术可提供单个 DNA 片段的直接可视化和测量。在这篇综述中，我们总结并讨论了基于 AFM 的 DNA 片段大小测量的应用。由于暴露于电离辐射而导致的断裂质粒 DNA 以及临床样本中的 ccfDNA 的成像为短 DNA 片段及其生物学功能的研究提供了一种创新方法。
Short DNA fragments, resulting from ionizing radiation induced DNA double strand breaks (DSBs), or released from cells as a result of physiological processes and circulating in the blood stream, may play important roles in cellular function and potentially in disease diagnosis and early intervention. The size distribution of DNA fragments contribute to knowledge of underlining biological processes. Traditional techniques used in radiation biology for DNA fragment size measurements lack the resolution to quantify short DNA fragments. For the measurement of cell-free circulating DNA (ccfDNA), real time quantitative Polymerase Chain Reaction (q-PCR) provides quantification of DNA fragment sizes, concentration and specific gene mutation. A complementary approach, the imaging-based technique using Atomic Force Microscopy (AFM) provides direct visualization and measurement of individual DNA fragments. In this review, we summarize and discuss the application of AFM-based measurements of DNA fragment sizes. Imaging of broken plasmid DNA, as a result of exposure to ionizing radiation, as well as ccfDNA in clinical specimens offer an innovative approach for studies of short DNA fragments and their biological functions.
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影响因子：
11.2
作者：
Brant G Wang;Han-Yao Huang;Yu-Chi Chen;R. Bristow;Keyanunoosh Kassauei;C. Cheng;R. Roden;L. Sokoll-L.
通讯作者：
Brant G Wang;Han-Yao Huang;Yu-Chi Chen;R. Bristow;Keyanunoosh Kassauei;C. Cheng;R. Roden;L. Sokoll-L.
与原子力显微镜的DNA和蛋白-DNA复合物的可视化。
DOI：
10.1007/978-1-62703-776-1_17
发表时间：
2014
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Lyubchenko, Yuri L;Gall, Alexander A;Shlyakhtenko, Luda S
通讯作者：
Shlyakhtenko, Luda S
影响因子：
4.7
作者：
Mladenov E;Magin S;Soni A;Iliakis G
通讯作者：
Iliakis G
影响因子：
3.4
作者：
Pang, D;Berman, BL;Dritschilo, A
通讯作者：
Dritschilo, A
影响因子：
2.6
作者：
WARD, JF
通讯作者：
WARD, JF