The insect-phase gRNA transcriptome in Trypanosoma brucei.
The insect-phase gRNA transcriptome in Trypanosoma brucei.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkt973
复制
发表时间：
2014-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lucas J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koslowsky D;Sun Y;Hindenach J;Theisen T;Lucas J
小RNA调控基因表达的最显著例子之一是锥虫线粒体中的RNA编辑过程。在这些寄生虫中，RNA编辑涉及大多数线粒体信使RNA（mRNA）内的广泛尿苷酸插入和缺失。预计超过1200种小向导RNA（gRNA）负责指导产生起始和终止密码子、校正移码的序列变化，并且对于许多mRNA，产生大部分开放阅读框。此外，替代编辑为前所未有的蛋白质多样性创造了机会。在布氏锥虫中，绝大多数gRNA是从大小约为一个核糖核酸酶的微环转录的，并且编码三到四个gRNA。大量（5000- 10000）和它们的串联结构使它们难以排序。为了鉴定T.在布鲁氏菌中，我们使用Illumina对来自前循环阶段的纯化gRNA进行深度测序。我们报告了指导mRNA编辑所需的一组近乎完整的gRNA。
One of the most striking examples of small RNA regulation of gene expression is the process of RNA editing in the mitochondria of trypanosomes. In these parasites, RNA editing involves extensive uridylate insertions and deletions within most of the mitochondrial messenger RNAs (mRNAs). Over 1200 small guide RNAs (gRNAs) are predicted to be responsible for directing the sequence changes that create start and stop codons, correct frameshifts and for many of the mRNAs generate most of the open reading frame. In addition, alternative editing creates the opportunity for unprecedented protein diversity. In Trypanosoma brucei, the vast majority of gRNAs are transcribed from minicircles, which are approximately one kilobase in size, and encode between three and four gRNAs. The large number (5000–10 000) and their concatenated structure make them difficult to sequence. To identify the complete set of gRNAs necessary for mRNA editing in T. brucei, we used Illumina deep sequencing of purified gRNAs from the procyclic stage. We report a near complete set of gRNAs needed to direct the editing of the mRNAs.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.1
作者：
Madej, Monika J.;Niemann, Moritz;Goeringer, H. Ulrich
通讯作者：
Goeringer, H. Ulrich
影响因子：
3.7
作者：
Ochsenreiter, Torsten;Cipriano, Michael;Hajduk, Stephen L.
通讯作者：
Hajduk, Stephen L.
影响因子：
64.8
作者：
LANDWEBER, LF;GILBERT, W
通讯作者：
GILBERT, W
影响因子：
2.5
作者：
Hong, M;Simpson, L
通讯作者：
Simpson, L
影响因子：
14.9
作者：
CUNNINGHAM, PR;WEITZMANN, CJ;OFENGAND, J
通讯作者：
OFENGAND, J