Folding dynamics and pathways of the trp-cage miniproteins.
Folding dynamics and pathways of the trp-cage miniproteins.
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DOI：
10.1021/bi501021r
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发表时间：
2014-09-30
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Andersen, Niels H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Byrne, Aimee;Williams, D. Victoria;Barua, Bipasha;Hagen, Stephen J.;Kier, Brandon L.;Andersen, Niels H.
对多种色氨酸笼突变体使用折叠稳定性的替代测量方法增加了一种可能性，即先前的动态 T 跳跃测量可能无法报告某些物种的完整笼形成。使用探针进行的 NMR 弛豫研究仅与完整笼形成时的未折叠值实现较大的化学位移差异，表明在某些情况下但并非所有情况下折叠速度较慢。已经检查了 14 个物种，300 K 时笼形成时间常数 (1/kF) 范围为 0.9–7.5 μs。本研究并没有改变色氨酸笼作为快速折叠、本质上是两态系统的状态，尽管它确实改变了该描述适用的阶段。折叠场景中可能会出现多种预结构事件，具体取决于所检查的特定类似物，但在所有情况下，N-末端螺旋的形成在笼形成过渡状态时或之前完成。相比之下，隐藏的 Ser14 侧链和 Arg/Asp 盐桥的折叠稳定氢键相互作用是折叠路径上的过渡后状态特征。该研究还发现 [P12W] 突变会导致折叠不稳定，但仍会加速折叠过程。
Using alternate measures of fold stability for a wide variety of Trp-cage mutants has raised the possibility that prior dynamics T-jump measures may not be reporting on complete cage formation for some species. NMR relaxation studies using probes that only achieve large chemical shift difference from unfolded values on complete cage formation indicate slower folding in some but not all cases. Fourteen species have been examined, with cage formation time constants (1/kF) ranging from 0.9–7.5 μs at 300 K. The present study does not change the status of the Trp-cage as a fast folding, essentially two-state system, although it does alter the stage at which this description applies. A diversity of prestructuring events, depending on the specific analogue examined, may appear in the folding scenario, but in all cases, formation of the N-terminal helix is complete either at or before the cage-formation transition state. In contrast, the fold-stabilizing H-bonding interactions of the buried Ser14 side chain and the Arg/Asp salt bridge are post-transition state features on the folding pathway. The study has also found instances in which a [P12W] mutation is fold destabilizing but still serves to accelerate the folding process.
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影响因子：
6.1
作者：
Gelman, Hannah;Gruebele, Martin
通讯作者：
Gruebele, Martin
影响因子：
3.3
作者：
Ferrara, P;Apostolakis, J;Caflisch, A
通讯作者：
Caflisch, A
DOI：
10.1007/978-1-4614-3704-8_18
发表时间：
2012-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Hagen, Stephen J
通讯作者：
Hagen, Stephen J
影响因子：
3.3
作者：
Meuzelaar, Heleen;Marino, Kristen A.;Woutersen, Sander
通讯作者：
Woutersen, Sander
影响因子：
2.9
作者：
Dyer, RB;Maness, SJ;Andersen, NH
通讯作者：
Andersen, NH