RNAlien - Unsupervised RNA family model construction.
RNAlien - Unsupervised RNA family model construction.
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DOI：
10.1093/nar/gkw558
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发表时间：
2016-09-30
影响因子：
14.9
通讯作者：
Höner Zu Siederdissen C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eggenhofer F;Hofacker IL;Höner Zu Siederdissen C
确定一种非编码RNA的功能需要耗费高昂且耗时的湿实验室实验。因此，确定序列同源性从而推断功能和家族归属的计算方法经常被采用。通过这种方式，新测序的基因组可以完全通过计算的方式进行注释。协方差模型通常用于将新的RNA序列归类到已知的RNA家族中。然而，要构建这样的模型，必须已经知道该家族的若干实例。此外，模型构建是专家的工作，他们手动编辑必要的RNA比对和共有结构。我们的方法RNAlien从单个输入序列开始，通过多次同源性搜索迭代收集潜在的家族成员序列。为找到的序列全自动构建RNA家族模型。我们已经在Rfam RNA家族数据库的一个子集上测试了我们的方法。RNAlien模型是构建与Rfam数据库中人工精选的模型具有相当敏感性和特异性的模型的一个起点。RNAlien工具和网络服务器可在http://rna.tbi.univie.ac.at/rnalien/获取。
Determining the function of a non-coding RNA requires costly and time-consuming wet-lab experiments. For this reason, computational methods which ascertain the homology of a sequence and thereby deduce functionality and family membership are often exploited. In this fashion, newly sequenced genomes can be annotated in a completely computational way. Covariance models are commonly used to assign novel RNA sequences to a known RNA family. However, to construct such models several examples of the family have to be already known. Moreover, model building is the work of experts who manually edit the necessary RNA alignment and consensus structure. Our method, RNAlien, starting from a single input sequence collects potential family member sequences by multiple iterations of homology search. RNA family models are fully automatically constructed for the found sequences. We have tested our method on a subset of the RfamRNA family database. RNAlien models are a starting point to construct models of comparable sensitivity and specificity to manually curated ones from the Rfam database. RNAlien Tool and web server are available at http://rna.tbi.univie.ac.at/rnalien/.
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影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
14.9
作者：
Salgado H;Peralta-Gil M;Gama-Castro S;Santos-Zavaleta A;Muñiz-Rascado L;García-Sotelo JS;Weiss V;Solano-Lira H;Martínez-Flores I;Medina-Rivera A;Salgado-Osorio G;Alquicira-Hernández S;Alquicira-Hernández K;López-Fuentes A;Porrón-Sotelo L;Huerta AM;Bonavides-Martínez C;Balderas-Martínez YI;Pannier L;Olvera M;Labastida A;Jiménez-Jacinto V;Vega-Alvarado L;Del Moral-Chávez V;Hernández-Alvarez A;Morett E;Collado-Vides J
通讯作者：
Collado-Vides J
影响因子：
3.9
作者：
Gruber, Andreas R.;Koper-Emde, Dorota;Marz, Manja;Tafer, Hakim;Bernhart, Stephan;Obernosterer, Gregor;Mosig, Axel;Hofacker, Ivo L.;Stadler, Peter F.;Benecke, Bernd-Joachim
通讯作者：
Benecke, Bernd-Joachim
地狱1.1：RNA同源性搜索速度更快100倍。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
影响因子：
10.7
作者：
Stadler, Peter F.;Chen, Julian J. -L.;Ullmann, Kerstin
通讯作者：
Ullmann, Kerstin