SignaLink3: a multi-layered resource to uncover tissue-specific signaling networks.
SignaLink3: a multi-layered resource to uncover tissue-specific signaling networks.
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SignaLink3：揭示组织特异性信号网络的多层资源。
DOI：
10.1093/nar/gkab909
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Korcsmáros T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Csabai L;Fazekas D;Kadlecsik T;Szalay-Bekő M;Bohár B;Madgwick M;Módos D;Ölbei M;Gul L;Sudhakar P;Kubisch J;Oyeyemi OJ;Liska O;Ari E;Hotzi B;Billes VA;Molnár E;Földvári-Nagy L;Csályi K;Demeter A;Pápai N;Koltai M;Varga M;Lenti K;Farkas IJ;Türei D;Csermely P;Vellai T;Korcsmáros T
信号网络代表了控制细胞对各种内部或外部刺激的反应的分子机制。目前大多数可用的信号数据库只包含复杂的交织通路网络的一部分，忽略了关键的相互作用或过程。因此，我们开发了SignaLink3（http：//signalink.org/），这是一个增值知识库，提供关于信号传导途径的手动管理数据和来自几种类型数据库（相互作用、调节、定位、疾病等）的综合数据。以及三种主要的动物模型生物。SignaLink3包含超过40万个新添加的人类蛋白质-蛋白质相互作用，导致智人总共有70万个相互作用，使其成为最大的集成信号网络资源之一。在H旁边。SignaLink3是目前唯一能为模式物种秀丽隐杆线虫和斑马鱼提供调控信息的信号网络资源，也是黑腹果蝇最大的信号网络资源。与以前的版本相比，我们整合了基因表达数据以及相互作用物的亚细胞定位，因此独特地允许组织或隔室特异性途径相互作用分析，以创建更准确的模型。数据可以以广泛使用的格式免费下载，包括CSV，PSI-MI TAB或SQL。
Signaling networks represent the molecular mechanisms controlling a cell's response to various internal or external stimuli. Most currently available signaling databases contain only a part of the complex network of intertwining pathways, leaving out key interactions or processes. Hence, we have developed SignaLink3 (http://signalink.org/), a value-added knowledge-base that provides manually curated data on signaling pathways and integrated data from several types of databases (interaction, regulation, localisation, disease, etc.) for humans, and three major animal model organisms. SignaLink3 contains over 400 000 newly added human protein-protein interactions resulting in a total of 700 000 interactions for Homo sapiens, making it one of the largest integrated signaling network resources. Next to H. sapiens, SignaLink3 is the only current signaling network resource to provide regulatory information for the model species Caenorhabditis elegans and Danio rerio, and the largest resource for Drosophila melanogaster. Compared to previous versions, we have integrated gene expression data as well as subcellular localization of the interactors, therefore uniquely allowing tissue-, or compartment-specific pathway interaction analysis to create more accurate models. Data is freely available for download in widely used formats, including CSV, PSI-MI TAB or SQL.
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影响因子：
14.9
作者：
Howe KL;Achuthan P;Allen J;Allen J;Alvarez-Jarreta J;Amode MR;Armean IM;Azov AG;Bennett R;Bhai J;Billis K;Boddu S;Charkhchi M;Cummins C;Da Rin Fioretto L;Davidson C;Dodiya K;El Houdaigui B;Fatima R;Gall A;Garcia Giron C;Grego T;Guijarro-Clarke C;Haggerty L;Hemrom A;Hourlier T;Izuogu OG;Juettemann T;Kaikala V;Kay M;Lavidas I;Le T;Lemos D;Gonzalez Martinez J;Marugán JC;Maurel T;McMahon AC;Mohanan S;Moore B;Muffato M;Oheh DN;Paraschas D;Parker A;Parton A;Prosovetskaia I;Sakthivel MP;Salam AIA;Schmitt BM;Schuilenburg H;Sheppard D;Steed E;Szpak M;Szuba M;Taylor K;Thormann A;Threadgold G;Walts B;Winterbottom A;Chakiachvili M;Chaubal A;De Silva N;Flint B;Frankish A;Hunt SE;IIsley GR;Langridge N;Loveland JE;Martin FJ;Mudge JM;Morales J;Perry E;Ruffier M;Tate J;Thybert D;Trevanion SJ;Cunningham F;Yates AD;Zerbino DR;Flicek P
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Flicek P
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Larkin A;Marygold SJ;Antonazzo G;Attrill H;Dos Santos G;Garapati PV;Goodman JL;Gramates LS;Millburn G;Strelets VB;Tabone CJ;Thurmond J;FlyBase Consortium
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FlyBase Consortium
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--
作者：
Fazekas D;Koltai M;Türei D;Módos D;Pálfy M;Dúl Z;Zsákai L;Szalay-Bekő M;Lenti K;Farkas IJ;Vellai T;Csermely P;Korcsmáros T
通讯作者：
Korcsmáros T
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Yang JH
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Bai, Jane P. F.