A Multi-Perspective Proximity View on the Dynamic Head Region of the Ribosomal 40S Subunit.
A Multi-Perspective Proximity View on the Dynamic Head Region of the Ribosomal 40S Subunit.
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DOI：
10.3390/ijms222111653
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发表时间：
2021-10-28
影响因子：
5.6
通讯作者：
Valerius O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmitt K;Kraft AA;Valerius O
从Asc1/RACK1、Rps2/uS5、Rps3/uS3和Rps20/uS10四个相邻角度比较了酿酒酵母核糖体40S亚基（hr40S）头部区域的重叠接近捕获，证实了控制核糖体和mRNA活性和命运的蛋白质的动态共定位。与hr40S相关的共定位因子参与(i)核糖体蛋白的泛素化（Hel2, Bre5-Ubp3）， （ii）无活性核糖体亚基（Stm1）， （iii） mRNA的监视和囊泡运输（Smy2, Syh1）， （iv） mRNA的降解（内切和外切酶Ypl199c和Xrn1）， (v)自噬（Psp2, Vps30, Ykt6），以及（vi）激酶信号传导（Ste20）。此外，它们必须与翻译起始因子（eIF3，帽结合蛋白Cdc33， eIF2A）和mrna结合/核糖体装载蛋白（Scp160, Sro9）协调一致。Rps/uS-BioID视角揭示了大量依赖Asc1/ rack1的hr40S配置，表明β-推进器在该微环境的特定空间组织中起作用。为了解决上下文特定的星座，Split-TurboID分析强调了泛素相关因子Def1和Lsm12是hr40S时Bre5的邻居。这些穿梭的蛋白质表明了细胞质中蛋白质和细胞核中RNA/DNA生物合成的聚合机制命运的共同调控轴。
A comparison of overlapping proximity captures at the head region of the ribosomal 40S subunit (hr40S) in Saccharomyces cerevisiae from four adjacent perspectives, namely Asc1/RACK1, Rps2/uS5, Rps3/uS3, and Rps20/uS10, corroborates dynamic co-localization of proteins that control activity and fate of both ribosomes and mRNA. Co-locating factors that associate with the hr40S are involved in (i) (de)ubiquitination of ribosomal proteins (Hel2, Bre5-Ubp3), (ii) clamping of inactive ribosomal subunits (Stm1), (iii) mRNA surveillance and vesicular transport (Smy2, Syh1), (iv) degradation of mRNA (endo- and exonucleases Ypl199c and Xrn1, respectively), (v) autophagy (Psp2, Vps30, Ykt6), and (vi) kinase signaling (Ste20). Additionally, they must be harmonized with translation initiation factors (eIF3, cap-binding protein Cdc33, eIF2A) and mRNA-binding/ribosome-charging proteins (Scp160, Sro9). The Rps/uS-BioID perspectives revealed substantial Asc1/RACK1-dependent hr40S configuration indicating a function of the β-propeller in context-specific spatial organization of this microenvironment. Toward resolving context-specific constellations, a Split-TurboID analysis emphasized the ubiquitin-associated factors Def1 and Lsm12 as neighbors of Bre5 at hr40S. These shuttling proteins indicate a common regulatory axis for the fate of polymerizing machineries for the biosynthesis of proteins in the cytoplasm and RNA/DNA in the nucleus.
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DOI：
10.1083/jcb.201804028
发表时间：
2018-10-01
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Bas L;Papinski D;Licheva M;Torggler R;Rohringer S;Schuschnig M;Kraft C
通讯作者：
Kraft C
影响因子：
3.5
作者：
De Munter, Sofie;Gornemann, Janina;Bollen, Mathieu
通讯作者：
Bollen, Mathieu
影响因子：
8.8
作者：
Glover, Marissa L.;Burroughs, A. Max;Arribere, Joshua A.
通讯作者：
Arribere, Joshua A.
影响因子：
3.6
作者：
Hoffmann, B;Wanke, C;Braus, GH
通讯作者：
Braus, GH
影响因子：
16.6
作者：
Garzia, Aitor;Jafarnejad, Seyed Mehdi;Sonenberg, Nahum
通讯作者：
Sonenberg, Nahum