Genomic resolution of cryptic species diversity in chipmunks
Genomic resolution of cryptic species diversity in chipmunks
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花栗鼠隐秘物种多样性的基因组解析
DOI：
10.1111/evo.14546
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Good, Jeffrey M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Herrera, Nathanael D.;Bell, Kayce C.;Callahan, Colin M.;Nordquist, Erin;Sarver, Brice A.;Sullivan, Jack;Demboski, John R.;Good, Jeffrey M.
隐蔽物种的发现对于理解物种形成过程和评估人为应激源的影响至关重要。在这里，我们使用基因组数据来测试北美啮齿动物西部花栗鼠(Tamias)在生态上众所周知的辐射范围内的隐蔽物种多样性。我们组装了一个单一物种(Tamias Minus)的从头参考基因组，结合新发布的21,551个常染色体和493个X连锁基因座的目标序列捕获数据，这些基因座来自22个物种的121个个体。我们确定了至少两个神秘的谱系，对应于一个孤立的最少花栗鼠亚种(T.minus grisescens)和一个仅在月球熔岩流大范围陨石坑周围已知的黄松花栗鼠亚种(Tamias Amoenus Cratericus)。其他种群水平的序列数据显示，所谓的陨石坑花栗鼠是一个独特的物种，在爱达荷州南部的针叶林中大量存在。这一神秘的血统似乎与生态和表型相似的黄松花栗鼠并不是最密切的亲缘关系，但确实显示出与该物种和其他物种反复杂交的证据。
Discovery of cryptic species is essential to understand the process of speciation and assessing the impacts of anthropogenic stressors. Here, we used genomic data to test for cryptic species diversity within an ecologically well-known radiation of North American rodents, western chipmunks (Tamias). We assembled a de novo reference genome for a single species (Tamias minimus) combined with new and published targeted sequence-capture data for 21,551 autosomal and 493 X-linked loci sampled from 121 individuals spanning 22 species. We identified at least two cryptic lineages corresponding with an isolated subspecies of least chipmunk (T. minimus grisescens) and with a restricted subspecies of the yellow-pine chipmunk (Tamias amoenus cratericus) known only from around the extensive Craters of the Moon lava flow. Additional population-level sequence data revealed that the so-called Crater chipmunk is a distinct species that is abundant throughout the coniferous forests of southern Idaho. This cryptic lineage does not appear to be most closely related to the ecologically and phenotypically similar yellow-pine chipmunk but does show evidence for recurrent hybridization with this and other species.
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