Fluorescent in situ sequencing (FISSEQ) of RNA for gene expression profiling in intact cells and tissues.
Fluorescent in situ sequencing (FISSEQ) of RNA for gene expression profiling in intact cells and tissues.
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DOI：
10.1038/nprot.2014.191
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发表时间：
2015-03
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
RNA测序测量整个转录组基因表达的定量变化，但它缺乏空间背景。另一方面，原位杂交提供了基因表达的位置，但仅适用于少数基因。在这里，我们详细介绍了一种在固定细胞和组织中原位进行基因表达全基因组谱分析的方案，其中RNA被转化为交联cDNA扩增子，并在共聚焦显微镜上手动测序。与传统的RNA-seq不同，我们的方法丰富了上下文特异性转录本，而不是内部保存和/或结构RNA，并且它保留了RNA定位研究的组织结构。我们的协议是为具有最低计算技能的细胞显微镜经验的研究人员编写的。文库构建和测序可以在14天内完成，图像分析需要额外的2天。
RNA sequencing measures the quantitative change in gene expression over the whole transcriptome, but it lacks spatial context. On the other hand, in situ hybridization provides the location of gene expression, but only for a small number of genes. Here we detail a protocol for genome-wide profiling of gene expression in situ in fixed cells and tissues, in which RNA is converted into cross-linked cDNA amplicons and sequenced manually on a confocal microscope. Unlike traditional RNA-seq our method enriches for context-specific transcripts over house-keeping and/or structural RNA, and it preserves the tissue architecture for RNA localization studies. Our protocol is written for researchers experienced in cell microscopy with minimal computing skills. Library construction and sequencing can be completed within 14 d, with image analysis requiring an additional 2 d.
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DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
2.7
作者：
Kaposi-Novak, P;Lee, JS;Thorgeirsson, SS
通讯作者：
Thorgeirsson, SS
DOI：
10.1073/pnas.1301301110
发表时间：
2013-08-20
影响因子：
11.1
作者：
Kosuri, Sriram;Goodman, Daniel B.;Church, George M.
通讯作者：
Church, George M.
影响因子：
56.9
作者：
Femino, A;Fay, FS;Singer, RH
通讯作者：
Singer, RH
影响因子：
48
作者：
Eliceiri, Kevin W.;Berthold, Michael R.;Goldberg, Ilya G.;Ibanez, Luis;Manjunath, B. S.;Martone, Maryann E.;Murphy, Robert F.;Peng, Hanchuan;Plant, Anne L.;Roysam, Badrinath;Stuurmann, Nico;Swedlow, Jason R.;Tomancak, Pavel;Carpenter, Anne E.
通讯作者：
Carpenter, Anne E.