SNP genotyping using TaqMan technology: the CYP2D6*17 assay conundrum.
SNP genotyping using TaqMan technology: the CYP2D6*17 assay conundrum.
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DOI：
10.1038/srep09257
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发表时间：
2015-03-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Leeder JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gaedigk A;Freeman N;Hartshorne T;Riffel AK;Irwin D;Bishop JR;Stein MA;Newcorn JH;Jaime LK;Cherner M;Leeder JS
CYP2D6 有助于许多临床使用药物的代谢，并且越来越多地进行个体化药物治疗的测试。由于 CYP2D6 基因基因座的高度复杂性，其基因分型具有挑战性。由于测定可靠性、低成本以及商业化测定的可用性，TaqMan® 技术被广泛应用于基因型分析的临床和研究环境中。鉴定 1023C>T (rs28371706) 定义功能降低 (CYP2D6*17) 和几个非功能等位基因的测定在三组独立的样品中产生了少量意外的双倍型调用，即调用表明存在包含 1023C>T 的 CYP2D6*4 亚变体。基因重测序未发现任何样品的引物或探针结合位点中有任何未知的 SNP，但所有受影响的样品在 PCR 引物和探针结合位点之一之间的 CYP2D6*4 等位基因上均存在三个 SNP。虽然这种现象最终通过使用排除 SNP 三重奏的 PCR 引物的替代测定法得到克服，但导致这种现象的机制仍然难以捉摸。这一罕见且意外的事件强调了在代表各种基因型的样品中进行检测验证的重要性，同时也强调了对 CYP2D6 等高度多态性基因的检测性能保持警惕。
CYP2D6 contributes to the metabolism of many clinically used drugs and is increasingly tested to individualize drug therapy. The CYP2D6 gene is challenging to genotype due to the highly complex nature of its gene locus. TaqMan® technology is widely used in the clinical and research settings for genotype analysis due to assay reliability, low cost, and the availability of commercially available assays. The assay identifying 1023C>T (rs28371706) defining a reduced function (CYP2D6*17) and several nonfunctional alleles, produced a small number of unexpected diplotype calls in three independent sets of samples, i.e. calls suggested the presence of a CYP2D6*4 subvariant containing 1023C>T. Gene resequencing did not reveal any unknown SNPs in the primer or probe binding sites in any of the samples, but all affected samples featured a trio of SNPs on their CYP2D6*4 allele between one of the PCR primer and probe binding sites. While the phenomenon was ultimately overcome by an alternate assay utilizing a PCR primer excluding the SNP trio, the mechanism causing this phenomenon remains elusive. This rare and unexpected event underscores the importance of assay validation in samples representing a variety of genotypes, but also vigilance of assay performance in highly polymorphic genes such as CYP2D6.
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