The complete chloroplast genome sequence of the Cucurbita ficifolia Bouché (Cucurbitaceae).
The complete chloroplast genome sequence of the Cucurbita ficifolia Bouché (Cucurbitaceae).
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DOI：
10.1080/23802359.2021.1981171
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhu Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cong Z;Cai L;Zhang Y;Su W;Li H;Zhu Q
南瓜是葫芦科重要的砧木和降糖食品种质资源。克隆了C. ficifolia在这项研究中已经确定。该基因组全长157，533 bp，包含一对25，639 bp的反向重复序列（IR），它们分别由88，112 bp的大单拷贝（LSC）和18，143 bp的小单拷贝（SSC）分隔。共预测了130个基因，包括86个蛋白质编码基因，8个rRNA基因和36个tRNA基因。最大似然系统发育分析表明，C. ficifolia是南瓜属的一个基本分支，与南瓜（Cucurbitamaxima）关系较近。对C. ficifolia的研究将促进南瓜属植物的种质资源发掘、系统发育关系和分子生物学研究。
Cucurbita ficifolia Bouché is an important germplasm resource used for rootstock and hypoglycemic food in Cucurbitaceae. The complete chloroplast genome sequence of C. ficifolia has been determined in this study. The total genome size is 157,533 bp in length and contains a pair of inverted repeats (IRs) of 25,639 bp, which were separated by large single copy (LSC) and small single copy (SSC) of 88,112 bp and 18,143 bp, respectively. A total of 130 genes were predicted including 86 protein-coding genes, eight rRNA genes and 36 tRNA genes. Further, Maximum-likelihood phylogenetic analysis revealed that C. ficifolia is a base clade of genus Cucurbita and closer to Cucurbita maxima. The chloroplast genome of C. ficifolia would promote the germplasm exploration, phylogenetic relationships, and molecular biology researches in Cucurbita.
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