Widespread Co-translational RNA Decay Reveals Ribosome Dynamics.
Widespread Co-translational RNA Decay Reveals Ribosome Dynamics.
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DOI：
10.1016/j.cell.2015.05.008
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发表时间：
2015-06-04
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Steinmetz LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pelechano V;Wei W;Steinmetz LM
通常认为，经历翻译的mRNA被保护免于衰变。在这里，我们表明mRNA实际上是协同降解的。这是影响大多数基因的广泛且保守的过程，其中5 '-3'转录物降解跟随最后的翻译核糖体，产生体内核糖体足迹。通过对5 '磷酸化mRNA降解中间产物的末端进行测序，我们获得了全基因组范围内的核糖体动力学的无药物测量。我们确定一般的翻译终止暂停在正常和压力条件下。此外，我们描述了新的密码子特异性核糖体暂停网站在响应氧化应激，这是依赖于RNase Rny 1。我们的方法简单直接，不需要使用翻译抑制剂或体外RNA足迹，可以改变核糖体保护模式。
It is generally assumed that mRNAs undergoing translation are protected from decay. Here we show that mRNAs are in fact co-translationally degraded. This is a widespread and conserved process affecting most genes, where 5’-3’ transcript degradation follows the last translating ribosome, producing an in vivo ribosomal footprint. By sequencing the ends of 5’phosphorylated mRNA degradation intermediates, we obtain a genome-wide drug-free measurement of ribosome dynamics. We identify general translation termination pauses in both normal and stress conditions. In addition, we describe novel codon-specific ribosomal pausing sites in response to oxidative stress, which are dependent on the RNase Rny1. Our approach is simple and straightforward, and does not require the use of translational inhibitors or in vitro RNA footprinting that can alter ribosome protection patterns.
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