The Wild Worm Codon Adapter: a web tool for automated codon adaptation of transgenes for expression in non-Caenorhabditis nematodes.
The Wild Worm Codon Adapter: a web tool for automated codon adaptation of transgenes for expression in non-Caenorhabditis nematodes.
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DOI：
10.1093/g3journal/jkab146
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发表时间：
2021-07-14
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hallem EA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bryant AS;Hallem EA
基因组学技术的进步正在扩大适合转基因的线虫物种的范围。由于不同物种的密码子使用偏差不同，密码子优化通常是在线虫中成功表达外源转基因的关键步骤。用于生成针对自由生活模型线虫秀丽隐杆线虫进行密码子优化的 DNA 序列的平台已广泛使用。然而，到目前为止，对于非秀丽隐杆线虫还没有这样的工具。因此，我们开发了野生蠕虫密码子适配器，一种用于快速转基因密码子优化以在非线虫中表达的工具。该应用程序包括针对类圆线虫属、尼波圆线虫属和线虫属的寄生线虫以及捕食性线虫太平洋Pristionchus 的内置优化。该应用程序还支持使用用户提供的优化规则对任何物种进行自定义优化。此外，该应用程序支持自动插入合成或天然内含子，以及分析转基因和天然序列中的密码子偏差。在这里，我们描述了这个基于网络的工具，并演示了如何使用它来分析类圆线虫物种的全基因组密码子偏差。
Advances in genomics techniques are expanding the range of nematode species that are amenable to transgenesis. Due to divergent codon usage biases across species, codon optimization is often a critical step for the successful expression of exogenous transgenes in nematodes. Platforms for generating DNA sequences codon-optimized for the free-living model nematode Caenorhabditis elegans are broadly available. However, until now such tools did not exist for non-Caenorhabditis nematodes. We therefore developed the Wild Worm Codon Adapter, a tool for rapid transgene codon optimization for expression in non-Caenorhabditis nematodes. The app includes built-in optimization for parasitic nematodes in the Strongyloides, Nippostrongylus, and Brugia genera as well as the predatory nematode Pristionchus pacificus. The app also supports custom optimization for any species using user-provided optimization rules. In addition, the app supports automated insertion of synthetic or native introns, as well as the analysis of codon bias in transgene and native sequences. Here, we describe this web-based tool and demonstrate how it may be used to analyze genome-wide codon bias in Strongyloides species.
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DOI：
10.1073/pnas.1909710117
发表时间：
2020-07-28
影响因子：
11.1
作者：
Gang, Spencer S.;Castelletto, Michelle L.;Hallem, Elissa A.
通讯作者：
Hallem, Elissa A.
影响因子：
30.8
作者：
Hunt VL;Tsai IJ;Coghlan A;Reid AJ;Holroyd N;Foth BJ;Tracey A;Cotton JA;Stanley EJ;Beasley H;Bennett HM;Brooks K;Harsha B;Kajitani R;Kulkarni A;Harbecke D;Nagayasu E;Nichol S;Ogura Y;Quail MA;Randle N;Xia D;Brattig NW;Soblik H;Ribeiro DM;Sanchez-Flores A;Hayashi T;Itoh T;Denver DR;Grant W;Stoltzfus JD;Lok JB;Murayama H;Wastling J;Streit A;Kikuchi T;Viney M;Berriman M
通讯作者：
Berriman M
影响因子：
1.5
作者：
Howe KL;Bolt BJ;Shafie M;Kersey P;Berriman M
通讯作者：
Berriman M
影响因子：
5.4
作者：
Eccles D;Chandler J;Camberis M;Henrissat B;Koren S;Le Gros G;Ewbank JJ
通讯作者：
Ewbank JJ
影响因子：
4.6
作者：
Adams, Sally;Pathak, Prachi;Pires-daSilva, Andre
通讯作者：
Pires-daSilva, Andre