MLML: consistent simultaneous estimates of DNA methylation and hydroxymethylation.
MLML: consistent simultaneous estimates of DNA methylation and hydroxymethylation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt459
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发表时间：
2013-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smith AD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qu J;Zhou M;Song Q;Hong EE;Smith AD
动机：胞嘧啶的两种主要表观遗传修饰，5-甲基胞嘧啶（5-mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC），在一系列哺乳动物细胞群体中彼此共存。越来越多的证据表明，5-hmC在5-mC的去甲基化和发育中的表观基因组调控中发挥重要作用。最近开发的实验方法允许直接单碱基分析5-hmC或5-mC。有意义的分析似乎需要将这些实验与亚硫酸氢盐测序相结合，但这样做会产生不一致的5-mC或5-hmC水平估计值。结果如下：我们提出了一种方法来联合模型读段计数从亚硫酸氢盐测序，氧化亚硫酸氢盐测序和Tet-Assisted亚硫酸氢盐测序，提供5-hmC和5-mC水平的同时估计是一致的跨实验类型。可用性：http://smithlab.usc.edu/software/mlml联系：andrewds@usc.edu补充信息：补充材料可在生物信息学在线。
Motivation: The two major epigenetic modifications of cytosines, 5-methylcytosine (5-mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC), coexist with each other in a range of mammalian cell populations. Increasing evidence points to important roles of 5-hmC in demethylation of 5-mC and epigenomic regulation in development. Recently developed experimental methods allow direct single-base profiling of either 5-hmC or 5-mC. Meaningful analyses seem to require combining these experiments with bisulfite sequencing, but doing so naively produces inconsistent estimates of 5-mC or 5-hmC levels. Results: We present a method to jointly model read counts from bisulfite sequencing, oxidative bisulfite sequencing and Tet-Assisted Bisulfite sequencing, providing simultaneous estimates of 5-hmC and 5-mC levels that are consistent across experiment types. Availability: http://smithlab.usc.edu/software/mlml Contact: andrewds@usc.edu Supplementary information: Supplementary material is available at Bioinformatics online.
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影响因子：
3.7
作者：
Globisch D;Münzel M;Müller M;Michalakis S;Wagner M;Koch S;Brückl T;Biel M;Carell T
通讯作者：
Carell T
影响因子：
8.8
作者：
Sun Z;Terragni J;Borgaro JG;Liu Y;Yu L;Guan S;Wang H;Sun D;Cheng X;Zhu Z;Pradhan S;Zheng Y
通讯作者：
Zheng Y
DOI：
10.1126/science.1170116
发表时间：
2009-05-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Tahiliani M;Koh KP;Shen Y;Pastor WA;Bandukwala H;Brudno Y;Agarwal S;Iyer LM;Liu DR;Aravind L;Rao A
通讯作者：
Rao A
影响因子：
3.7
作者：
Huang Y;Pastor WA;Shen Y;Tahiliani M;Liu DR;Rao A
通讯作者：
Rao A
DOI：
10.1073/pnas.1014033108
发表时间：
2011-03-01
影响因子：
11.1
作者：
Iqbal, Khursheed;Jin, Seung-Gi;Szabo, Piroska E.
通讯作者：
Szabo, Piroska E.