An Internal Standard for Assessing Phosphopeptide Recovery from Metal Ion/Oxide Enrichment Strategies.
An Internal Standard for Assessing Phosphopeptide Recovery from Metal Ion/Oxide Enrichment Strategies.
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评估金属离子/氧化物富集策略中磷酸肽回收率的内标。
DOI：
10.1007/s13361-018-1946-6
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发表时间：
2018-07
影响因子：
3.2
通讯作者：
Gygi SP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulo JA;Navarrete-Perea J;Erickson AR;Knott J;Gygi SP
磷酸化介导的信号通路在细胞调控和疾病中具有重要意义。然而，在信号通路中起作用的蛋白质往往不那么丰富，磷酸化通常是亚化学计量比的。因此，有效地浓缩和随后回收磷酸化肽是至关重要的。基于质谱学的蛋白质组学是一种成熟的方法，可以在一个实验中量化数千个磷酸化事件。我们设计了一种针对质谱分析的样品制备策略的多肽内标分析方法，以了解从富集法中更好地回收磷酸肽。我们将质量差示串联质量标签(MTMT)试剂(特别是TMT零和TMTSuperHeavy)、9个符合质谱学要求的磷肽(Phos9)和提取的离子色谱峰面积测量结合在一起，以确定磷肽的回收率。我们通过评估三种磷酸肽浓缩工作流程展示了这一mTMT/phos9回收实验。我们的分析提供了关于磷酸肽回收率的数据，这是对其他指标的补充，即已识别的磷酸肽的数量和浓缩特异性。我们的mTMT/phos9检测适用于典型实验工作流程中的任何浓缩方案，无论样品来源或标记策略如何。
Phosphorylation-mediated signaling pathways have major implications in cellular regulation and disease. However, proteins with roles in signaling pathways are frequently less abundant and phosphorylation is often sub-stoichiometric. As such, the efficient enrichment and subsequent recovery of phosphorylated peptides is vital. Mass spectrometry-based proteomics is a well-established approach for quantifying thousands of phosphorylation events in a single experiment. We designed a peptide internal standard-based assay directed toward sample preparation strategies for mass spectrometry analysis to understand better phosphopeptide recovery from enrichment strategies. We coupled mass-differential tandem mass tag (mTMT) reagents (specifically, TMTzero and TMTsuper-heavy), nine mass spectrometry-amenable phosphopeptides (phos9), and peak area measurements from extracted ion chromatograms to determine phosphopeptide recovery. We showcase this mTMT/phos9 recovery assay by evaluating three phosphopeptide enrichment workflows. Our assay provides data on the recovery of phosphopeptides, which complement other metrics, namely the number of identified phosphopeptides and enrichment specificity. Our mTMT/phos9 assay is applicable to any enrichment protocol in a typical experimental workflow irrespective of sample origin or labeling strategy.
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Paulo JA;Gygi SP
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