RNA atlas of human bacterial pathogens uncovers stress dynamics linked to infection.
RNA atlas of human bacterial pathogens uncovers stress dynamics linked to infection.
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人类细菌病原体的RNA图集发现与感染有关的应力动态。
DOI：
10.1038/s41467-021-23588-w
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发表时间：
2021-06-02
影响因子：
16.6
通讯作者：
Fällman M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Avican K;Aldahdooh J;Togninalli M;Mahmud AKMF;Tang J;Borgwardt KM;Rhen M;Fällman M
适应应激宿主环境所必需的细菌过程是新型抗菌药物的潜在目标。在这里，我们报告了在模拟人类宿主环境的 11 种应激条件下生长的 32 种人类细菌病原体的大规模转录组分析。通过与临床重要病原体的体内转录组进行比较，支持了体外应激条件和反应的潜在相关性。概率分数的计算可以对应激反应进行比较性跨微生物分析，揭示对不同应激的常见和独特的调节反应，以及参与不同应激反应的重叠过程。我们确定了保守且物种特异性的“通用应激反应因子”，即在多种应激条件下表现出表达改变的基因。非编码 RNA 参与了很大一部分反应。数据收集在免费的交互式在线资源 (PATHOgenex) 中。细菌应激反应是新型抗菌药物的潜在目标。在这里，Avican 等人。展示了在 11 种应激条件下生长的 32 种细菌病原体的全局转录组，并确定了常见和独特的调节反应，以及参与不同应激反应的过程。
Bacterial processes necessary for adaption to stressful host environments are potential targets for new antimicrobials. Here, we report large-scale transcriptomic analyses of 32 human bacterial pathogens grown under 11 stress conditions mimicking human host environments. The potential relevance of the in vitro stress conditions and responses is supported by comparisons with available in vivo transcriptomes of clinically important pathogens. Calculation of a probability score enables comparative cross-microbial analyses of the stress responses, revealing common and unique regulatory responses to different stresses, as well as overlapping processes participating in different stress responses. We identify conserved and species-specific ‘universal stress responders’, that is, genes showing altered expression in multiple stress conditions. Non-coding RNAs are involved in a substantial proportion of the responses. The data are collected in a freely available, interactive online resource (PATHOgenex). Bacterial stress responses are potential targets for new antimicrobials. Here, Avican et al. present global transcriptomes for 32 bacterial pathogens grown under 11 stress conditions, and identify common and unique regulatory responses, as well as processes participating in different stress responses.
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影响因子：
14.9
作者：
Hnilicová J;Jirát Matějčková J;Šiková M;Pospíšil J;Halada P;Pánek J;Krásný L
通讯作者：
Krásný L
影响因子：
3.6
作者：
Beckham KS;Connolly JP;Ritchie JM;Wang D;Gawthorne JA;Tahoun A;Gally DL;Burgess K;Burchmore RJ;Smith BO;Beatson SA;Byron O;Wolfe AJ;Douce GR;Roe AJ
通讯作者：
Roe AJ
影响因子：
4.8
作者：
Bischler, Thorsten;Tan, Hock Siew;Sharma, Cynthia M.
通讯作者：
Sharma, Cynthia M.
影响因子：
3.2
作者：
CAIRNEY, J;BOOTH, IR;HIGGINS, CF
通讯作者：
HIGGINS, CF
影响因子：
3.1
作者：
Ishikawa, Takahiko;Sabharwal, Dharmesh;Wai, Sun Nyunt
通讯作者：
Wai, Sun Nyunt