Ms1, a novel sRNA interacting with the RNA polymerase core in mycobacteria.
Ms1, a novel sRNA interacting with the RNA polymerase core in mycobacteria.
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DOI：
10.1093/nar/gku793
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发表时间：
2014-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Krásný L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hnilicová J;Jirát Matějčková J;Šiková M;Pospíšil J;Halada P;Pánek J;Krásný L
小RNA（sRNA）是细菌细胞中许多调节过程所必需的分子。在这里，我们的特点Ms1，sRNA是高度表达的耻垢分枝杆菌在生长的稳定期。通过甘油梯度离心、RNA结合试验和RNA免疫共沉淀，我们证明Ms1与RNA聚合酶（RNAP）核心相互作用，该核心不含主要σ因子（σA）或任何其他σ因子。这与大多数其他物种的情况形成对比，在大多数其他物种中，6S RNA与RNAP相互作用，并且这种相互作用需要σA的存在。两种类型的sRNA（Ms1或6S RNA）与RNAP相互作用的差异可能反映了分枝杆菌与其他物种之间转录机制组成的差异。与大肠杆菌不同，固定相M。包皮垢细胞含有相对较少的与σA复合的RNAP分子。因此，Ms1代表了一种新型的与RNAP相互作用的小RNA。
Small RNAs (sRNAs) are molecules essential for a number of regulatory processes in the bacterial cell. Here we characterize Ms1, a sRNA that is highly expressed in Mycobacterium smegmatis during stationary phase of growth. By glycerol gradient ultracentrifugation, RNA binding assay, and RNA co-immunoprecipitation, we show that Ms1 interacts with the RNA polymerase (RNAP) core that is free of the primary sigma factor (σA) or any other σ factor. This contrasts with the situation in most other species where it is 6S RNA that interacts with RNAP and this interaction requires the presence of σA. The difference in the interaction of the two types of sRNAs (Ms1 or 6S RNA) with RNAP possibly reflects the difference in the composition of the transcriptional machinery between mycobacteria and other species. Unlike Escherichia coli, stationary phase M. smegmatis cells contain relatively few RNAP molecules in complex with σA. Thus, Ms1 represents a novel type of small RNAs interacting with RNAP.
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DOI：
10.1073/pnas.94.10.4982
发表时间：
1997-05-13
影响因子：
11.1
作者：
Fredrick, K;Helmann, JD
通讯作者：
Helmann, JD
影响因子：
11.3
作者：
Gengenbacher M;Kaufmann SH
通讯作者：
Kaufmann SH
影响因子：
3.2
作者：
Jones, George H.;Mackie, George A.
通讯作者：
Mackie, George A.
影响因子：
3.6
作者：
Cosgriff S;Chintakayala K;Chim YT;Chen X;Allen S;Lovering AL;Grainger DC
通讯作者：
Grainger DC
影响因子：
1.6
作者：
China, Arnab;Nagaraja, Valakunja
通讯作者：
Nagaraja, Valakunja