Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition.
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DOI：
10.1093/nar/gku936
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发表时间：
2014-12-16
影响因子：
14.9
通讯作者：
van Steensel B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brinkman EK;Chen T;Amendola M;van Steensel B
基因组编辑方法的有效性和突变谱可能会因目标序列的不同而有很大不同。因此，需要一种简单、快速的分析方法来准确地表征和量化诱导的突变。在这里，我们介绍了一种用于此目的的方法，它只需要一对聚合酶链式反应和两次标准的毛细管测序。然后，通过专门开发的分解算法来分析序列痕迹，该算法识别投影编辑位点中的主要诱导突变，并准确地确定它们在细胞群体中的频率。该方法经济、快速，比目前的酶分析方法提供了更详细的信息。有一个用于自动分解序列痕迹的交互式网络工具可用。浪潮极大地促进了基因组编辑策略的测试和合理设计。
The efficacy and the mutation spectrum of genome editing methods can vary substantially depending on the targeted sequence. A simple, quick assay to accurately characterize and quantify the induced mutations is therefore needed. Here we present TIDE, a method for this purpose that requires only a pair of PCR reactions and two standard capillary sequencing runs. The sequence traces are then analyzed by a specially developed decomposition algorithm that identifies the major induced mutations in the projected editing site and accurately determines their frequency in a cell population. This method is cost-effective and quick, and it provides much more detailed information than current enzyme-based assays. An interactive web tool for automated decomposition of the sequence traces is available. TIDE greatly facilitates the testing and rational design of genome editing strategies.
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