Tapping Culture Collections for Fungal Endophytes: First Genome Assemblies for Three Genera and Five Species in the Ascomycota.
Tapping Culture Collections for Fungal Endophytes: First Genome Assemblies for Three Genera and Five Species in the Ascomycota.
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DOI：
10.1093/gbe/evad038
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发表时间：
2023-03-03
影响因子：
3.3
通讯作者：
Gaya, Ester
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hill, Rowena;Levicky, Quentin;Pitsillides, Frances;Junnonen, Amy;Arrigoni, Elena;Bonnin, J. Miguel;Kermode, Anthony;Mian, Sahr;Leitch, Ilia J.;Buddie, Alan G.;Buggs, Richard J. A.;Gaya, Ester
子囊菌门是真菌王国中最大的门，其生活方式多样，有些与植物有关。许多对植物具有致病性的子囊菌的基因组数据是可用的，但作为植物无症状居民的内生菌的研究相对不足。在这里，使用短期和长期阅读技术，我们已经测序和组装基因组的15个内生子囊菌菌株从CABI的文化收藏。我们使用系统发育分析来细化分类群，这表明，我们的15个基因组组件中有7个是第一个属和/或种。我们还证明，细胞计数基因组大小的估计可以作为一个有价值的度量评估组装“完整性”，这很容易被高估时，单独使用BUSCO和基因组组装计划有更广泛的影响。在生产这些新的基因组资源，我们强调挖掘现有的文化收藏的价值，以产生数据，可以帮助解决有关植物-真菌相互作用的主要研究问题。
The Ascomycota form the largest phylum in the fungal kingdom and show a wide diversity of lifestyles, some involving associations with plants. Genomic data are available for many ascomycetes that are pathogenic to plants, but endophytes, which are asymptomatic inhabitants of plants, are relatively understudied. Here, using short- and long-read technologies, we have sequenced and assembled genomes for 15 endophytic ascomycete strains from CABI’s culture collections. We used phylogenetic analysis to refine the classification of taxa, which revealed that 7 of our 15 genome assemblies are the first for the genus and/or species. We also demonstrated that cytometric genome size estimates can act as a valuable metric for assessing assembly “completeness”, which can easily be overestimated when using BUSCOs alone and has broader implications for genome assembly initiatives. In producing these new genome resources, we emphasise the value of mining existing culture collections to produce data that can help to address major research questions relating to plant–fungal interactions.
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影响因子：
14.9
作者：
Grigoriev IV;Nikitin R;Haridas S;Kuo A;Ohm R;Otillar R;Riley R;Salamov A;Zhao X;Korzeniewski F;Smirnova T;Nordberg H;Dubchak I;Shabalov I
通讯作者：
Shabalov I
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2.7
作者：
Borowiec ML
通讯作者：
Borowiec ML
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16.6
作者：
Hacquard S;Kracher B;Hiruma K;Münch PC;Garrido-Oter R;Thon MR;Weimann A;Damm U;Dallery JF;Hainaut M;Henrissat B;Lespinet O;Sacristán S;Ver Loren van Themaat E;Kemen E;McHardy AC;Schulze-Lefert P;O'Connell RJ
通讯作者：
O'Connell RJ
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作者：
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Blaxter, Mark
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4.1
作者：
dos Santos Vieira, Willie Anderson;Bezerra, Priscila Alves;Doyle, Vinson Patrick
通讯作者：
Doyle, Vinson Patrick