NLSdb-major update for database of nuclear localization signals and nuclear export signals.
NLSdb-major update for database of nuclear localization signals and nuclear export signals.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1021
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rost B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bernhofer M;Goldberg T;Wolf S;Ahmed M;Zaugg J;Boden M;Rost B
NLSdb是一个收集核输出信号（内斯）和核定位信号（NLS）沿着实验注释的核和非核蛋白的数据库。内斯和NLS是与蛋白质运输出和进入细胞核相关的短序列基序。更新后的NLSdb现在包含2253个NLS并引入398个内斯。新的内斯和NLS的潜在集已经产生了一个简单的“在电脑诱变”协议。我们从实验标注的主题开始。在步骤1中，我们增加了特异性，使得没有已知的非核蛋白与精炼的基序匹配。在第2步中，我们增加了灵敏度，试图将几个不同的家庭与一个主题相匹配。然后我们重复步骤1和2。最后一组2253个NLS基序与8421个实验验证的核蛋白中的35%匹配（高于前一版本的21%），与18278个非核蛋白中的任何一个都不匹配。我们更新了网络界面，提供了多个选项来搜索内斯和NLS基序的蛋白质序列，并评估您自己的信号序列。NLSdb可以通过Rostlab服务访问：https://rostlab.org/services/nlsdb/
NLSdb is a database collecting nuclear export signals (NES) and nuclear localization signals (NLS) along with experimentally annotated nuclear and non-nuclear proteins. NES and NLS are short sequence motifs related to protein transport out of and into the nucleus. The updated NLSdb now contains 2253 NLS and introduces 398 NES. The potential sets of novel NES and NLS have been generated by a simple ‘in silico mutagenesis’ protocol. We started with motifs annotated by experiments. In step 1, we increased specificity such that no known non-nuclear protein matched the refined motif. In step 2, we increased the sensitivity trying to match several different families with a motif. We then iterated over steps 1 and 2. The final set of 2253 NLS motifs matched 35% of 8421 experimentally verified nuclear proteins (up from 21% for the previous version) and none of 18 278 non-nuclear proteins. We updated the web interface providing multiple options to search protein sequences for NES and NLS motifs, and to evaluate your own signal sequences. NLSdb can be accessed via Rostlab services at: https://rostlab.org/services/nlsdb/
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