EFBAT: exact family-based association tests.
EFBAT: exact family-based association tests.
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DOI：
10.1186/1471-2156-8-86
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发表时间：
2007-12-20
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Laird N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schneiter K;Degnan JH;Corcoran C;Xu X;Laird N
基于家系的关联试验是研究复杂疾病遗传危险因素的重要工具。这些测试对于种群结构的鲁棒性特别有价值。我们介绍了一个工具，EFBAT，它执行精确的家庭为基础的测试关联X染色体和常染色体双等位基因标记。程序EFBAT扩展了以前应用于常染色体标记的网络算法，以包括X染色体，并在加性、显性和隐性遗传模型下，在零假设“无关联、无连锁”和“存在连锁时无关联”下进行关联测试。这些测试是有效的，无论缺失的家族数据的模式。进行精确的家庭为基础的关联测试的一般框架已被有效地扩展到X染色体，特别是对于“没有关联的连锁存在”的假设和不同的遗传模型。
Family-based association tests are important tools for investigating genetic risk factors of complex diseases. These tests are especially valuable for being robust to population structure. We introduce a tool, EFBAT, which performs exact family-based tests of association for X-chromosome and autosomal biallelic markers. The program EFBAT extends a network algorithm previously applied to autosomal markers to include the X-chromosome and to perform tests of association under the null hypotheses "no association, no linkage" and "no association in the presence of linkage" under additive, dominant and recessive genetic models. These tests are valid regardless of patterns of missing familial data. The general framework for performing exact family-based association tests has been usefully extended to the X-chromosome, particularly for the hypothesis of "no association in the presence of linkage" and for different genetic models.
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