LabPipe: an extensible bioinformatics toolkit to manage experimental data and metadata.
LabPipe: an extensible bioinformatics toolkit to manage experimental data and metadata.
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LabPipe：可扩展的生物信息学工具包，用于管理实验数据和元数据。
DOI：
10.1186/s12859-020-03908-5
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发表时间：
2020-12-02
影响因子：
3
通讯作者：
Free RC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhao B;Bryant L;Cordell R;Wilde M;Salman D;Ruszkiewicz D;Ibrahim W;Singapuri A;Coats T;Gaillard E;Beardsmore C;Suzuki T;Ng L;Greening N;Thomas P;Monks P;Brightling C;Siddiqui S;Free RC
临床生物信息学中的数据处理通常是不够的。没有免费可用的工具可以提供直接的方法来进行一致、灵活的元数据收集以及由供应商软件本地生成的相关实验数据的链接。为了解决这个问题，我们创建了 LabPipe，这是一个灵活的工具包，它通过本地客户端驱动，与供应商软件一起运行并连接到轻量级服务器。该工具包允许为实验元数据和本地数据收集定义可重用的配置，并处理元数据输入和数据链接。 LabPipe 在多地点临床呼吸组学研究中进行了试点。 LabPipe 提供了一种一致的、受控的方法来处理示例研究中的元数据和实验数据收集、整理和链接，并且足够灵活，可以有效地应对不同的数据处理挑战。
Data handling in clinical bioinformatics is often inadequate. No freely available tools provide straightforward approaches for consistent, flexible metadata collection and linkage of related experimental data generated locally by vendor software. To address this problem, we created LabPipe, a flexible toolkit which is driven through a local client that runs alongside vendor software and connects to a light-weight server. The toolkit allows re-usable configurations to be defined for experiment metadata and local data collection, and handles metadata entry and linkage of data. LabPipe was piloted in a multi-site clinical breathomics study. LabPipe provided a consistent, controlled approach for handling metadata and experimental data collection, collation and linkage in the exemplar study and was flexible enough to deal effectively with different data handling challenges.
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影响因子：
2.9
作者：
Ibrahim, Wadah;Wilde, Michael;Siddiqui, Salman
通讯作者：
Siddiqui, Salman
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq415
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Rocca-Serra P;Brandizi M;Maguire E;Sklyar N;Taylor C;Begley K;Field D;Harris S;Hide W;Hofmann O;Neumann S;Sterk P;Tong W;Sansone SA
通讯作者：
Sansone SA
影响因子：
2.5
作者：
Mueller, Heimo;Malservet, Nicolas;Dagher, George
通讯作者：
Dagher, George
DOI：
10.1074/mcp.o113.036681
发表时间：
2014-10
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Griss J;Jones AR;Sachsenberg T;Walzer M;Gatto L;Hartler J;Thallinger GG;Salek RM;Steinbeck C;Neuhauser N;Cox J;Neumann S;Fan J;Reisinger F;Xu QW;Del Toro N;Pérez-Riverol Y;Ghali F;Bandeira N;Xenarios I;Kohlbacher O;Vizcaíno JA;Hermjakob H
通讯作者：
Hermjakob H
影响因子：
14.9
作者：
Whetzel PL;Noy NF;Shah NH;Alexander PR;Nyulas C;Tudorache T;Musen MA
通讯作者：
Musen MA